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继噶玛噶举黑帽派之后，噶举派的另一个支系达隆噶举也采取活佛转世这一佛教徒最能理解和接受的方法，于是达隆寺和类乌齐寺的活佛开始“转世“相承，以后格鲁派和众多的藏传佛教派系都接受了这种活佛转世体制。一时间，大大小小的活佛不断涌现，并逐渐成为藏传佛教一种法权和政治权力的象征。唯有曾经在藏族历史上有过赫赫政教业绩的萨迦派，仍然冷眼看待这一新生事物，继续沿用他们的前辈传下来的父子或叔侄相传的方法来保持教派骨系纯正的神权。
据汉文史料记载，在清代，除了达赖喇嘛和班禅被推崇为藏传佛教两个领袖外，还相继形成了统管喀尔喀政教事务的哲布尊丹巴活佛世系和统管内蒙和甘青蒙藏宗教事务的章嘉活佛世系以及属于某一局部地区宗教领袖的嘉木样、帕巴拉等众多活佛世系。清乾隆年间，在理藩院正式注册得到承认的呼图克图一级大活佛就有148位，到清末又增至160位。他们的分布是：西藏35位（含昌都）、内蒙57位、外蒙19位、青甘35位，长驻北京在朝廷参班的14位。
到了解放初期至民主改革时，光西藏自治区境内，大约有3000到4000 位活佛。而主要的活佛除了达赖喇嘛和班禅外，还有策墨林活佛、功德林活佛、丹杰林活佛、热振活佛、第穆活佛、帕巴拉活佛、洛萨林活佛等。另外，在札什伦布寺和拉萨的哲蚌寺、甘丹寺、色拉寺，大大小小的活佛更难以枚举。此外，在青海的塔尔寺、甘肃的拉卜楞寺，还各有一名大活佛，他们就是章嘉活佛和嘉木样活佛，他们同属于格鲁派，其宗教地位在达赖喇嘛和班禅之后。
圆寂是终点又是起点
圆寂
据许多活佛的藏文传记记载，他们在生命的尽头并不象常人那样一无所知，模模糊糊，而是在弥留之际或者是更早的时候，就已预知圆寂的时辰，知晓往生转世的去处，这就是常人所不能做到的。
清代四大活佛之一的章嘉三世活佛是乾隆皇帝封册的大国师。据他的亲传弟子土观·洛桑却吉尼玛写的《章嘉国师若必多吉传》记载，深得雍正、乾隆两位皇帝赏识的章嘉国师，在1784年圆满结束了他的68岁庆寿喜筵后，就开始预感到自己寿命将尽。他时常说起一心归西天的言语。一天他对传记的作者说：“神和许多喇嘛曾预言我寿命不会太长，而智慧的班禅罗桑益喜却说我的寿命较长，如今我已年近七旬，大概已到了寿数的终点。但是，人们还在向上师和三宝（佛、法、僧）祷告，期望我能活得更长。“尽管这位弟子当时并不明白其中的奥妙，但后来仔细思索，才明白这位先知在七旬之后将去他界利益众生。以后他又进一步向自己的弟子暗示了自己不久将圆寂并会转世的心愿。
每年的4月底是章嘉国师朝拜五台山的日子。据说从北京启程前，他异乎往年特地到各个佛堂敬香祈愿，在护法殿还认真吩咐众护法神。在途中，章嘉国师听到一个侍从殴打几个汉人的喧嚷声，就说：“你们现在依仗我的势力欺压别人，再回北京时人家来打你们，恐怕你们也只能挨着“。这些俗人哪知在这普普通通的责备中，还带有另外的玄机呢？
就在五台山参加完祈愿诵经法会后，这位被视为和乾隆是一双日月的国师就开始觉得身体不适，此后他的身体就每况愈下，一位匆匆赶来的藏医在诊脉后神情沮丧，自知此病非寻常之医术所能治疗。章嘉国师虽然服了两剂汉族名医的汤药，却没有做祈求长寿的法事，只是心情畅快，悠然安闲地将病情和生死不能自主的道理写成诗词，连同请求把他的骨灰装进铜塔安放于镇海寺的遗嘱转呈给了皇上。