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根敦朱巴从孩提时代起，就表现出了偏爱宗教的倾向。他的全部时间都用来铭刻神圣的经书。他还只有7岁的时候，他的父亲就去世了，他只好进了日喀则附近的一家寺院，开始当仆人，后来成了僧人。他生性聪颖，不同凡人，这一点在他还是少年的时候就已初露锋芒。他还是孩子的时候就开始撰写有关藏传佛教哲学的著述。根敦朱巴遇到宗喀巴时才20岁。当时年少气盛，自持学问和才华可以与他后来的恩师宗喀巴相媲美，他走进经堂毫不客气地坐到了宗喀巴讲经的位置，对此宗喀巴装做不知，坐到了学僧们中间。根敦朱巴在听了一阵宗喀巴的讲经课后，满面羞愧地离开了师尊的高座，坐到了普通弟子的席位上。从此，他从这位大师那里获得了尽善尽美的教诲，成为了这位大师最虔诚的追随者。
根敦朱巴在世期间，西藏修建了两座寺院，这两寺院在以后的西藏历史上发挥了重要作用。根敦朱巴的师兄绛央曲杰创建的哲蚌寺不仅在西藏位居榜首，而且在全世界恐怕也是独占鳌头的了。随着时间的推移，哲蚌寺成为西藏权力最大的机构，因为它是格鲁派的核心。另外一座寺院就是根敦朱巴创建的札什伦布寺，它也是最为重要的政治中心之一，因为在五世达赖喇嘛期间，它就成了班禅的驻锡寺，沿袭至今。根敦朱巴亲自督察了寺院的全部修建工程以及装修工程。
据根敦朱巴的传记记载，在他与世长辞时，他给他的弟子仅仅留下了这样的遗言：“牢记佛祖教诲，虔诚尽力修行”。相传在他的灵魂飘然离去时，他的躯体却变成了纯金色，光芒四射。今天他的尸骨仍安葬在哲蚌寺。根敦朱巴宣称，他将会转世再生、继续他生前已开始进行的事业。他享年84岁，全部身、心、意都献给了为西藏的芸芸众生弘扬佛法的事业。
在西藏历史上，黄教和噶举派以前居统治地位的宗教势力是萨迦派，由于该派的喇嘛可以结婚，所以他们是靠父子或叔侄相传来延续萨迦寺的统治的。但格鲁派（黄教）是绝对不允许其喇嘛结婚的，那么怎样才能保证教派的统治不至于落入旁门之手呢？格鲁派毅然选择了噶玛噶举黑帽系的做法，用活佛转世制度来维持他们的世系。
提出并完成格鲁派这一重大选择的人物，一位是札什伦布寺铁桑林札仓的高僧公钦群觉，另一位则是一世达赖喇嘛的亲戚比丘卓玛，这两位具有先知先党的高僧在经过周密的讨论后，决定用活佛转世来保持根敦朱巴已经获得的神权。这就是根敦朱巴能够无穷无尽地再生转世的背景，他就象一位真正的菩萨那样，降临人世帮助和指导其信徒遵循善德、智慧和最终的解脱之道。这也就是藏人信奉为西藏的保护神观世音菩萨的第一代转世活佛，到现在，在西藏和其他藏区已先后出现了十四代转世活佛（达赖喇嘛）。根敦朱巴去逝后的第4年，哲蚌寺宣布，后藏地区一名小男孩是根敦朱巴的转世灵童。这是格鲁派第一次阐明菩萨的观念，这就是《华严经》中所说的：居住于法云的菩萨，尽管只有一世的时间，但是，从他在兜率天居住以后起，就开始迁居，然后投入母胎、出生、出家、觉悟、发愿、转**，最后涅■。在此期间，他思念过各种有情之事，他所做的教化众生之事，一切都被加持，因此，他同样可以在无限无数世间存在。用现代人的话来说，就是菩萨甚至在成佛之后，仍要再次转世人间，普渡众生。可以说这种思想给藏族人的观念带来了巨大的变革，事实上这也就为格鲁派继噶玛噶举黑帽系后建立活佛转世制度铺平了理论道路，而根敦嘉措就是这一理论的第一个产物。从认定根敦嘉措是根敦朱巴的转世开始，达赖喇嘛成了西藏人生活中永恒不变的一部分。
被认为是二世达赖喇嘛的根敦嘉措于1475年出生在后藏的达纳。根据史料记载，根敦嘉措在他67年的生涯中，为实现前世达赖喇嘛的梦想，将自己身心的全部智慧都奉献给了他的同胞。