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有关根敦嘉措本人的藏文传记记载，在他圆寂时，就表达了要转世再生，为众生谋利的愿望。这是再清楚不过的明示了。过了4年，也就是1546年，哲蚌寺的僧众把一位7岁的男孩迎至寺内，并宣称这位叫索南嘉措的僧人就是根敦嘉措的转世，即根敦朱巴的第三代转世。
这位来自前藏堆隆一家小贵族的儿子，在与蒙古人的几次交往中，凭借超凡脱俗的真才实学，为格鲁派赢得了达赖喇嘛的尊号，他就是三世达赖喇嘛索南嘉措。
当时，蒙古的大权掌握在俺答汗手中，他对西藏僧侣的价值和权力十分清楚。俺答汗象他的前任一样，也利用了这一点，为的是要向西藏境内渗透。他盛情邀请三世达赖喇嘛索南嘉措访问蒙古。当他还在途中艰苦跋涉的时候，这位人间活佛的英名就先于他自己提前达到了蒙古。因为达赖喇嘛在蒙古旅行时，用各种各样的超自然奇迹，使那些酷爱萨满教巫术的蒙古人敬畏万分。俺答汗怀着崇敬的心情以隆重的蒙古族礼节接待了这位来自雪域的活佛。索南嘉措的个性、虔诚、谈吐以及他在佛教界的崇高地位给俺答汗留下了很深的印象。当他把祖祖辈辈信仰的萨满教与活佛给予他的知识对比后，率先改宗为佛教。成千上万的蒙古人也紧随其后皈依了藏传佛教，索南嘉措也就成功地在蒙古广为传播了格鲁派的教义，并在藏族和蒙古族之间拉起了永恒的宗教纽带。
在青海的仰华寺，索南嘉措对活佛理论进行了强有力的解释，使得这位蒙古首领确信，在若干年以前，他自己也就是伟大的忽必烈本人。俺答汗为了表达他对这位人间活佛的无比感激和尊敬之情，于1578年5月赠予索南嘉措“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”的尊号。翻译过来就是“遍知一切金刚持智慧海洋的喇嘛“。从此，西藏才有了达赖喇嘛的尊号，并一直沿用至今。而后人才依此尊号追认根敦朱巴为第一世达赖喇嘛，根敦嘉措为第二世达赖喇嘛。
为了鼓励这位极有根性的蒙古首领坚信新的观念，三世达赖喇嘛也回赠俺答汗“咱克喇瓦尔第彻辰汗”的尊号，译成汉语就是“转轮王聪睿之工”。 1579年，俺答汗与三世达赖喇嘛依依惜别。索南嘉措离开蒙古开始在昌都、青海等地继续他的讲经布道，5年后，又应蒙古王室的邀请，再次来到蒙古。很快三世达赖喇嘛的名声越过蒙古草原和华北平原传到了京城， 1588年，明神宗派遣官员到蒙古，邀请他到北京讲经。索南嘉措愉快地接受了皇帝的邀请。当时他年事已高，长途跋涉的艰辛和疾病夺去了他的生命。就这样，三世达赖喇嘛不仅将自己的灵体留在了蒙古大草原，而且为履行他圆寂时作出的要再生转世为众生谋利的承诺，索南嘉措的下一代转世活佛居然就诞生在蒙古包内，而且他还不是出生于一个普普通通的蒙古人家庭，实际上他的再生转世就是俺达汗的子孙。
格鲁派（黄教）的达赖喇嘛转世制度就这样以第二世达赖转世、第三世达赖获得“达赖喇嘛”尊号井转世为标志，开始了一代一代的活佛转世流转，但是系统阐述活佛转世理论的却是具有真知灼见的五世达赖喇嘛罗桑嘉措。正如我们今天所知道的那样，这不仅使达赖喇嘛得以不断延续，而且使这一制度染上了绝无仅有的理论色彩。虽然达赖喇嘛尊号是由蒙古首领所刨，并由蒙古首领赠予三世达赖喇嘛索南嘉措的，但最先宣布自己为观世音菩萨化身的却是五世达赖喇嘛本人。五世达赖喇嘛还进而宣布，从一世达赖喇嘛根敦朱巴开始的前面四位化身全都是观世音菩萨的转世。这一点不仅被全体藏族人接受，而且也得到蒙古境内全体信徒的认可。这样，五世达赖喇嘛不仅逐渐被人们接受为西藏全境的宗教领袖，而且成了西藏全境的世俗领袖。回顾藏传佛教活佛转世漫长道路的历史，从噶玛噶举黑帽派的第二世以活佛转世相承教派法权后，这种神秘的活佛转世制度就象夏日融化于青藏高源之巅的涓涓雪水，流进了藏族人乃至蒙古人大大小小的寺院。