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活佛转世制度创立后，藏传佛教各教派为了自己的利益，纷起仿效，相继建立起大大小小数以千计的活佛转世系统。据统计，清朝乾隆年间在理藩院正式注册的大活佛就有148名，到清末增至160名。其中，随着本教派利益的膨胀而建立的两个最大的活佛转世系统是达赖转世系统和班禅转世系统。
达赖活佛转世系统创建于16世纪。清初，五世达赖喇嘛不远千里到北京朝见顺治皇帝，被封为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤咖恒喇达赖喇嘛”，达赖喇嘛的称呼从此正式确定下来，并传承至今。现世达赖喇嘛是中华民国中央政府命“免予掣签，特准继任为第十四辈达赖喇嘛”后，于1940年2月22日由国民政府蒙藏委员会委员长吴忠信主持，在布达拉宫正式坐床的。
班禅活佛转世系统出现于1713年，清朝中央政府正式册封班禅为“班禅额尔德尼”(“额尔德尼”，满语，为梵语ratna之变音，旧译“宝师”或“大宝”)。民国时期，九世班禅与十三世达赖失和，班禅出走内地，圆寂于青海，宫保慈丹经扎什伦布寺班禅行辕寻访到后，国民政府代总统李宗仁特令“免予掣签，特准继任为第十世班禅额尔德尼”。1949年8月10日在国民政府蒙藏委员会委员长关吉玉主持下，十世班禅坐床大典在塔尔寺举行。
17世纪格鲁派掌权后，这种活佛转世的办法成为西藏特权阶层争夺利益的手段。为杜绝大活佛转世中的族属传袭之流弊，1793年清朝颁布“钦定藏内善后章程二十九条”时，创建金瓶掣签制度，将其列入“善后章程”第一条；大皇帝为求黄教兴隆，特赐一金瓶，规定今后遇到寻找活佛灵童时，邀集四大护法，将灵童名字及出生年月，用满、汉、藏三种文字写于牙签牌上，放进瓶内，选派有学问的活佛，祈祷七日，然后由众呼图克图会同驻藏大臣在大昭寺释迦佛像前正式认定。
金瓶掣签制度，完善了藏传佛教活佛转世制度。金瓶掣签后，驻藏大臣、寻访灵童负责人要将掣签所得灵童的情况报告中央政府，经中央政府批准后，才能举行坐床典礼。为此，清朝特制两个掣签金瓶，一个用于达赖、班禅转世灵童的认定，现存放于拉萨布达拉宫；另一个用于确认蒙藏大活佛、呼图克图的转世灵童，现存放于北京雍和宫。
无量光佛的化身
自古以来，藏族人就有寻根的传统，在众多的西藏史书中，都把自己的祖先追溯到传说时代的天神之子，到了后来，西藏众多的世袭领主和上层贵族也都千方百计地将自己的祖先同吐蕃时期的某个王室成员或著名大臣联系起来，以说明自己骨系的高贵。但对达赖喇嘛和班禅大师这样的宗教领袖来说，其根之高贵荣光又是王公贵族所望尘莫及的。
班禅大师是无量光佛的化身，他的前世很多，而且每个前世在印度佛教史上都占有重要的地位。传说克珠杰（一世班禅）早在无量之寿年，就追随至尊导师文殊师利。在释迦牟尼时代，他降生为沙弥白玛吉，后转世为班智达·仁巴怙觉。另一些传说又讲，班禅大师曾是文殊菩萨的化身，以后才转世为克珠杰。
据说，在一世班禅克珠杰之前，他有过七次转世。
第一世为须菩提尊者，出生在舍卫城一个富裕的婆罗门家中。虽然早年家境富裕，但膝下无子，自从生下此子，更感到富上加富。据说须菩提尊者为龙种，因尚有前世龙种习气，就移居蛇蟒盘踞的旃檀林中。后来被一位已获见道的天神发现送到释迦牟尼佛祖前受近圆戒，依教修道，尽除一切烦恼，获得阿罗汉果。