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1936年2月，国民政府蒙藏委员会制订并报行政院核准，颁布了藏传佛教活佛转世管理的第一个专门法规《喇嘛转世办法》。办法共13条，沿袭了《钦定藏内善后章程二十九条》和《理藩院则例》中有关活佛转世问题的规定，强调达赖喇嘛、班禅额尔德尼等大活佛转世灵童须经金瓶掣签认定和中央政府批准的原则。
按照《喇嘛转世办法》等法规，民国中央政府按照宗教仪轨和历史定制主持完成了十四世达赖喇嘛丹增嘉措、十世班禅额尔德尼等活佛的认定和坐床。
十四世达赖喇嘛的认定过程
1933年，十三世达赖喇嘛圆寂，其转世活动按照国民政府蒙藏委员会《十四世达赖喇嘛转世掣签征认办法》进行。经历了以下程序：
（1）西藏地方政府向中央政府上报圆寂情况，国民政府给予加封，并在南京组织各界追悼。
（2）祈祷转世。西藏地方政府组织了祈祷转世活动。
（3）占卜。求转世迹象。
（4）降神。十三世达赖喇嘛圆寂时面向东方，请四大护法降神，都将哈达投向东方。
（5）观湖。1935年热振活佛前往拉姆拉错湖观湖。
（6）密访。寻访候选灵童。1934年，热振活佛派三路人员分别前往青海、西康和西藏山南寻访。1937年在青海省湟中县祁家川寻访到灵童拉木登珠（1935-），并迎往塔尔寺。
（7）辨认遗物。灵童拉木登珠在青海省政府院内准确无误地辨认出十三世达赖喇嘛的遗物：黄色珠、黑色珠、银质鼗鼓和手杖。
（8）金瓶掣签。中央政府特批免予掣签。
国民政府指示将寻访到的拉木登珠的三位灵童护送到拉萨，由金瓶掣签认定。1938年，国民政府令青海省主席马步芳（1903-1975）派兵将拉木登珠护送到拉萨，并于1939年派蒙藏委员会委员长吴忠信（1884-1959）前往拉萨会同热振活佛主持转世等事宜。1940年吴忠信抵达拉萨后，摄政热振活佛因西藏僧俗公认拉木登珠为十三世达赖喇嘛的转世，向中央政府报告，请求免予金瓶掣签。经吴忠信看视灵童后，国民政府批准“免予抽签，特准继任为第十四辈达赖喇嘛”，并拨坐床经费40万。
（9）坐床。中央政府批准并派代表吴忠信主持坐床事宜。
1940年4月，在国民政府代表吴忠信的主持下，十四世达赖喇嘛在布达拉宫坐床。热振活佛致电并派员前往重庆向国民政府致谢，十四世达赖喇嘛本人也向国民政府致信感谢。
（10）中央政府册封。
1949年10月1日，中华人民共和国成立。20世纪五六十年代，中国的少数民族聚居地区通过民主改革完成了由传统社会向现代社会的转变，实现政教分离，落实了民族区域自治制度。公民的宗教信仰自由权利受到宪法和法律的保护，政府依法对宗教事务进行管理。
藏传佛教活佛转世由各级政府依法管理，西藏和四川、云南、甘肃、青海四省藏区先后出台了关于活佛转世的管理规章。2007年7月18日，国家宗教事务局公布《藏传佛教活佛转世管理办法》，于9月1日起施行。
藏传佛教各教派、各地区都开展了活佛转世活动。西藏的十世班禅额尔德尼、十六世噶玛巴、五世德珠、六世热振活佛，四川的三世戈教活佛，青海的九世赛赤活佛，甘肃的五世嘉木样、六世贡唐仓活佛，云南的五世让迥活佛等转世活动按照宗教仪轨和历史定制顺利进行。活佛作为国家公民，以个人身份或代表信教群众积极参与国家政治、经济、文化和社会事务。