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从1763年的藏历猪年开始，仓央嘉措的言谈中就流露出另有所思的迹象。第二年，他在巡视寺院时，对那些前来祈福的老人们说道：“这次要仔细看看我，好好记在心里。人寿无定，以后难相会啊！“当时传记的作者只当是指那些前来朝见的老人们寿命不长，而不知活佛是在说自己。不久，他又再三坚持，把大同寺法主的职务交给了别的高僧，紧接着他又要辞去嘉格隆寺主持的职位，并说：“我任主持已25年了，如今年事已高，无能为力，若继续此任，很是不好。“这时众僧心里只想六世达赖喇嘛不愿再任，而没想到他已自知寿限将至。
1764年的冬天，仓央嘉措开始稍露病容，很快病邪转盛，时而昏迷，时而寒热交加。下面是秘传中一段关于六世达赖喇嘛圆寂前的详细记载：四月的最后一日，土曜与牛宿交会。在这天为一些新安放的佛像举行了中等规模的开光仪式。尊者（六世达赖喇嘛）令我（秘传作者）将他自己亲自用过的金刚许法器和长耳帽等送与夏鲁仓大师。
请他要按先前许诺的那样为教法和众生造福。又把另外一根金刚杵献与上师甘丹池巴。尊者道：“吉事一毕，我今生的事业也就功德圆满了”。
初七日，病情稍缓，与昨日无甚差异。大家一起为他祈祷长寿。做过法事后，尊者面露笑容。
那夜我独自在大师跟前陪住。病情略安。尊者伸出腿来命我按摩。按摩时尊者吻我并抚摩我的头，讲道：“先前我对你的恩深，如今你对我的恩重，真舍不得你啊！“言罢悲戚不已。
过后，医生曲吉和次成桑布来了。黎明时他自己说感受很安适。为他洗了手和头，觉得凉爽。两眼频视空中，似乎有什么人到了尊者跟前一样。少顷，他对曲吉医生说：“天上降下哈达来了！”又问：
“他刚才说什么？”道：“我说下雨了吧！”然后他默默不语了。
等我到了屋内，尊者又对我说：“今天到日子了！”我心中疑惧，故意答道：“是，今天是六日了。”
尊者冁然一笑。其实是预示八日即将圆寂，诸天神都来接引了。
我为祝尊者得无量寿，奋力念起了长生咒，尊者也跟着念诵。念得比我更响亮，更流畅。正当唪诵长生咒时，尊者的身躯忽然伸直散开，变做菩萨跏趺（半盘腿打坐姿式）。右手放在右髋，左手执杵铃于左髀上。一代达赖喇嘛就这样圆寂了。
祈祷转世
活佛圆寂后，随之而来的是要举行一系列的佛事活动。而象达赖喇嘛、班禅这样的大活佛，圆寂后的各种仪式就更为复杂多样。但仪式的中心应该说都是围绕祈祷转世来进行的。
据藏文史料记载， 1757年，七世达赖喇嘛圆寂，这在藏族人看来，就如同利乐一切佛教众生的太阳落入了西山。当时以第穆活佛为首的众恃从如同失去方向之盲人、丧失慈母之独子，一下坠入了苦难的深渊，他们压抑不住悲哀之情，对天疾呼：“哎呀呀，佛日掉落，失去了一切世间的主宰，”但很快人们就控制心中无限的哀苦，井井有条地依照传统在一片痛苦的气氛中作出一件又一件重大的决定，举行一次又一次传统的仪式。
当七世达赖喇嘛圆寂的噩耗传出后，西藏地方政府的各位噶伦和达赖喇嘛的弟弟首先赶到了布达拉宫，众人商议，当即决定：立即禀报驻藏大臣井上奏乾隆皇帝，同时速报班禅，追荐恃金刚喇嘛；撰写七世达赖喇嘛早日转世的祈愿文；向大、小昭寺的觉娃佛像（释加牟尼像）、大悲观音像、宗喀巴、弥勒佛等众佛敬献哈达或众多供品；向众僧立即布施斋茶等等。