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从班禅转世系统的形成过程看，一世至四世还只是过渡阶段，从五世班禅开始才正式形成。
二世班禅索南确朗，生于1439年，年幼时在拉萨著名的甘丹寺出家，精通显宗和密宗，在寺院有很高的声誉。索南确朗自幼身体瘦弱，当他到甘丹寺出家时，当时的甘丹寺住持问他叫什么名字时，他回答说：“小牛。小牛长大成大牛“。在持心想这是位有善缘的弟子，就取名叫索南确朗。由于他学识渊博，甘丹寺上下都认为他是一世班禅克珠杰的“转世灵童”。二世班禅享年65岁，传说他圆寂时，乐声响彻天空，小雨绵绵。
三世班禅罗桑丹珠， 1505年生于后藏雅鲁藏布江之滨的温萨。出生时，即会说“可怜的众生，噣嘛呢叭咪哞（六字真言）”等语。他母亲听后惊奇不已，觉得不吉祥，就用一块脏毡盖在他的头部上。后来三世班禅对人说：“就因为母亲的这种做法，使我一开始和同龄儿童讲话时，就言钝唇笨，谈吐困难“。三世班禅自小喜欢幽静，喜欢长时间地凝视释迦牟尼和宗喀巴大师的佛像，相传他8岁时曾梦见一轮明月从金山升起，自己身着白衣，佩带珍宝饰品，手持铃杵居于月中，铃声响遍世间。
三世班禅11岁出家，苦修集密灌项等密法。 17岁染上痘病。有一天正倚门诵经，突然看见一位貌似乞丐的僧人依着褴褛，皓首银须，和蔼可亲地朝他走来，就请他进屋，热情款待。原来这是位有名高僧，就传授给他一些著名的噶举派密法。三世班掸一生云游藏区，晚年才返回故乡在二世班禅创建的温萨寺闭门静修，被寺僧视为班禅转世。
从四世班禅起，开始有了简单的记录灵童转世的内容。四世班禅生于 1567年。 1岁时，父亲因疯病杀人，回到家中用血手抚摸孩子，中邪死亡， 1570年再次由父母转生。四世班禅幼年时相貌丑陋，体格瘦小，父母根据梦中的启示，叫他曲结巴丹桑布。当时三世班禅已圆寂多年，温萨寺的僧人正到各处寻找罗桑丹珠的“转世灵童”。当他年满5岁时，温萨寺的僧人发现了他，并派三世班禅的大弟子克珠桑结益喜在村子住了一个多月，对他进行秘密观察，结果发现这孩子喜欢和僧人接近，并在玩耍时，喜欢用衣服当袈裟。
13岁时，父母把他送到温萨寺出家，并拜三世班禅的大弟子为师，取名罗桑曲结坚赞。几年以后，一位来自江孜白居寺的高僧在温萨寺传法，并与寺僧进行辩论，他发现罗桑曲结人虽年轻，但精通佛法，很有口才，许多僧人都辩论不过他，于是大为惊奇，就把罗桑曲结请到禅房，敬之以茶，并赠送黄色的僧人斗篷一件，要拜这位少年为师。这件事轰动了全寺，僧众纷纷议论，一致认为罗桑曲结是三世班禅的转世灵童。但他自己却说无意作蕴萨寺的三世活佛，只是一个普通的学法喇嘛而已。
温萨寺的全体僧众经过反复讨论后，于1583年，为他举行了坐床典礼，拥立罗桑曲结登上了温萨寺曲结颇章宫的池巴法座。相传坐床大典这天，天降绵绵细雨，此后一连七日，罗桑曲结精修妙音天女密法，终于目睹了天女尊容，看见妙音天女心窝中走出一位蓝衣天女，双手高擎盛满如意妙果的器皿献给主母。接着，又从妙音天女的右手走出一位天女，接过如意妙果交给他享用，就这样，妙音天女打开了他的智慧之门。当时他才14岁。这是班禅活佛转世系统首次举行的“坐床”典礼。但此时的罗桑曲结同二世班禅、三世班禅一样，还不是班禅，而是作为温萨寺的活佛转世的。
1662年2月13日，四世班禅在札什伦布寺圆寂，享年92岁。四世班禅在病危之时，曾念过一段舍利子的祈祷词：“不欲世极豪至贫之一家，旨在转世中等之家，愿出家者日益常增“。听完祷词，四世班禅身边的近侍和高僧的心里踏实多了。他们明白：罗桑曲结不但会转世，而且还预示了今后将转世在一个中产阶级家庭里。在西藏，由于受释迦牟尼重要弟子舍利子的影响，从大到达赖喇嘛和班禅大师，小到一般活佛，虽然有不少转世在贵族富豪家，但转世到中等家庭的活佛仍然居多。