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这一来自东方两个文明古国的宗教渗透完全使藏族人的生活改变了。西藏人摈弃了他们那世代相传的好战的生活方式，这些藏族人也包括西藏北部和西部最边远地区的四处飘泊的游牧部落。藏族人开始以令人难以置信的热情笃信佛教。
在藏王达磨赞普居统治地位时，西藏佛教度过了一段黑暗时期，遭受了一些挫折。他力图依靠摧毁寺庙、迫害僧人来消灭佛教。但此时，佛教的种子已深深扎根于西藏人民这块肥田沃土之中，藏族人没有让这一破坏行径持续多久，达磨赞普就被一位笃信佛教的僧人暗杀了。
接下来的300年时间，也就是9. 10. 11世纪间，藏族人政治上日趋衰落，因为他们在频繁的内战中将自己的力量耗费殆尽，西藏被四分五裂成若干个小小的地方政权。值得庆幸的是，佛教的传播在经过段苦难的历程后开始复苏和发展。一时间，宁玛派、噶举派、萨迦派等众多教派相继崛起，西藏佛教又进入了鼎盛时期。
13世纪，蒙古人建立元朝，从此，西藏地方的政治事务就完全受制于元朝中央了，忽必烈借助于当时势力强盛的萨迦派，将西藏置于自己的控制之下，西藏纳入中国版图。忽必烈遂将萨迦派的领袖八思巴请到大都，封其为国师和帝师。八思巴凭借自己的渊博知识和坚强个性，让当时的蒙古领袖成了自己的佛教弟子。由于王室的支持，八思巴使成千上万的蒙古人皈依了佛法，这是佛教首次光临蒙古。
14世纪，在西藏出现了另一位出类拔萃的佛教领袖，他的出现给西藏人的佛教生活带来了新的光明和希望。他名叫宗喀巴，生于青海西宁附近的宗喀，他创立了新教派的格鲁派，俗称黄帽派，为了将他的信徒与别的信徒区别开来，宗喀巴规定他们戴黄帽。
宗喀巴通过强化教规，强调虔诚，在这一占压倒优势的教派中唤起了巨大的信仰复兴精神，他不仅坚持僧尼要严格禁欲守戒，还严格规定了学佛的次第。格鲁派基本上是一种经改革后的思想流派。他在着手创建这一新教派之前，曾悉心研究并精通宁玛派、萨迦派和噶举派。继宗喀巴之后，西藏创建了一些闻名于世的寺院，如甘丹寺、色拉寺、哲蚌寺和礼什伦布寺等。住寺喇嘛都曾经在5000人以上。
宗喀巴创建甘丹寺后，自任第一任住持甘丹池巴，在他即将圆寂时，把衣帽传给了弟子贾曹杰，由其继任第二任甘丹池巴。后来，宗喀巴的另外一个重要第子克珠杰又继任了第三任甘丹池巴，此人就是被格鲁派追认的第一世班禅。1542年，宗喀巴的另一个重要第子根敦珠巴的继承人根登嘉措圆寂后，根据宗喀巴的遗嘱，根登嘉措得以转世，形成了达赖喇嘛的转世系统。根敦珠巴被追认为第一世达赖喇嘛，从此，藏传佛教格鲁派产生了以达赖赖嘛和班禅大师为主的两大活佛转世系统。
活佛转世制度是藏传佛教区别于其它佛教流派最明显的特征。它是如何出现的呢？
1252年，忽必烈召见八思巴时，也邀请噶玛噶举高僧噶玛拔希。但噶玛拔希投向了当时的蒙古大汗蒙哥，被蒙哥封为国师，并赐给一顶金边黑帽及一颗金印。1283年，噶玛拔希圆寂。为将本教派既得利益保持下来，他便以佛教意识不灭、生死轮回、“化身再现，乘愿而来”为依据，临终前要求弟子寻找一小孩继承黑帽。
弟子秉承师命，找来一小孩为噶玛拔希的转世灵童，黑帽系活佛转世制度就这样建立起来了。明朝，黑帽系活佛噶玛巴被明永乐皇帝封为明三**王之首的“大宝法王”。今天，这一活佛转世系统仍在传承。1992年9月27日，拉萨堆隆德庆县楚布寺举行盛大的十六世噶玛巴活佛转世灵童坐床典礼，揭开噶玛噶举黑帽系活佛转世的又一页。