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就这样，达赖喇嘛法身作修持状一日后，到晚上，他的左右鼻孔自流出红白菩提水，据说这种瑞相足以证明达赖喇嘛的幻化之身已成正觉并升入法界，因为第二天清晨，人们都看见布达拉宫顶上出现一道五色奇异彩虹。当夜，在存放遗体的如意宝箧前广献祭品，并由第穆活佛主持祈祷转世的诵经仪式。第二天，当第穆活佛揭开衣服披氅瞻仰时，遗体仍然如旧。第穆活佛再次敬奉哈达等，以大悲力祈祷达赖喇嘛无漏意趣圆满，早日转世，再做藏传佛教的领袖。
在布达拉宫，以上首弟子第穆活佛为首的众近侍以及部分僧人向达赖喇嘛的遗体举行了七七四十九天的法事。当班禅在札什伦布寺听到噩耗后，无限悲哀，虔心祈愿达赖喇嘛一切无漏意乐圆满，早日转世人间，并从内库拿出银两向札什伦布寺等后藏各大寺院分发布施，大做佛事，祈祷达赖灵童早日转世。
六世班禅大师巴丹益喜于清乾隆四十五年（1780年）十一月初二下午，在北京黄寺病故。据大师的传记记载，六世班禅圆寂时，足成金刚跏跌，身体挺直，两手下垂，犹如溶化于甚深思维之中。由于患病，面部稍有光泽。当时还不到十五，但月亮如十五圆而明亮。此外，大师身体的每一部分好象日光照耀，全身具有无限的芳香，随风四处飘荡。
翌日，鹅毛大雪开始纷纷飘扬，跟随大师多年的司膳堪布等人于大师灵前陈供祭品。同时派人进藏向达赖喇嘛、拉毛护法神、摄政赤钦诺门汗、札什伦布寺的两位经师等要员和高僧报丧，并请求达赖喇嘛和拉萨三大寺、札什伦布寺诵经祈祷班禅灵童早日转世。司膳堪布还写信给札什伦布寺的德琼巴格勒窘乃大师，要求他广修灵童早日转世的法事，并着手兴建供放灵塔。三世章喜活佛也开始撰写有关灵童转世及选认的秘信，派人送往西藏。
5天以后，六世班禅身上的一切水分已逐渐消失，看上去已显得非常小。大师的灵柩旁堆放着各种塔、珍宝和药物，灵柩上面覆盖着黄缎。当时，天突然下起了雨，三世章嘉活佛和其他参加百日供祭祈祷的各方僧人都认为这是个好预兆。章嘉活佛在法事上宣读了《灵童早日转世祈祷文》。供祭结束后，所有参加祈祷转世仪式的憎人和其他官员都一起向大师灵柩献供，然后大声祈祷灵童早日转世。 1781年，班禅的全体恃从人员，护送六世班禅的灵塔自北京黄寺启程，经过半年多的跋涉，于八月抵达札什伦布寺，并放入札寺修建的大银塔中安葬。
乾隆皇帝为纪念六世班禅，在他圆寂后的第4年，特命在他生前居住过的黄寺西侧，建立了一座宏伟的“清净化城塔”，人们把它称为西黄寺，而把五世达赖喇嘛和六世班禅住过的黄寺，称为东黄寺，现在东黄寺早已不存在了。唯有西黄寺还存在，全国人大副委员长十世班禅额尔德尼·确吉坚赞创建的中国藏语系高级佛学院的校址就在这里。
从藏族传统文化的角度看活佛圆寂后的种种仪式和祈祷转世仪轨，我们认为它与藏族古老的本教丧葬仪轨是有一定联系的。当然，熟悉藏传佛教的人都知道，直到今天还在整个藏区占主导地位的藏传佛教实质上是在吸收了传统本教的许多优秀成分后才形成的，而后来的本教反过来又吸收了佛教的一些经典和仪轨。因此，要明确地指出在丧葬仪式问题上，谁吸收了谁的东西是很困难的。尽管如此，我们还是想简单地介绍一下本教的丧葬祈祷仪轨，以便帮助我们的读者“ 理解藏族丧葬古老的祈祷习俗，而且这方面的内容也非常神奇有趣，甚至可以说是任何一个外族人所不能想象的。
本教丧葬法事通常由两三个僧人在灵堂里进行，包括三个各自独立的部分。