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与此同时，主要在南疆库尔勒市活动的分裂组织“东突厥斯坦伊斯兰真主党”（以下简称“真主党”）开始插手伊犁。自1995年后，“真主党”先后派出20多名南疆籍成员前往伊犁，以讲经为名进行分裂主义和宗教“圣战”宣传，发展组织成员。1996年1月，“真主党”从乌鲁木齐派遣几名骨干赴伊宁，与被公安部门释放的“伊犁麦西来甫委员会”副总指挥阿不都黑力力等秘密会面，先后在伊宁市、伊宁县的乡村秘密建立了6个地下训练点，对骨干人员进行全封闭式的暴力恐怖训练，待机而动，进而制造了1997年2月5日的伊宁大规模骚乱事件。
十一、1997年乌鲁木齐公交车爆炸案
1997年2月25日，邓小平的追悼会在北京举行。就在这一天，“东突”恐怖组织制造了乌鲁木齐市2路、10路、44路公共汽车爆炸案，造成3辆公共汽车被炸毁，包括维族、回族、柯尔克孜族、汉族群众在内的9人丧生、68名乘客被炸得腿断肢残，严重受伤。
当天18点27分左右，一辆10路公交车在新疆广电局前方300多米处爆炸；18点29分左右，西北路公共汽车站一辆刚进站的2路公共汽车爆炸；18点35分左右，南门一辆刚起步的44路公共汽车爆炸，一妇女被座位下的爆炸物几乎炸成碎块；定时炸弹爆炸后，里面填充的螺杆、螺帽竟将公共汽车的扶手钢管都击穿了！南门公交车爆炸现场的定时炸弹被一名据说是公安厅的安全人员发现后，果断地扔出车窗外，炸死了路过的一名三轮车民工。当日19点15分，一辆58路公共汽车行至六道湾停车场收车时发现一个爆炸装置，好在停车场对过就是市公安局刑科所，接到报案后，刑技人员及时地拆除了爆炸装置。22点左右，铁路公安民警在火车南站货场围墙处又起获一个爆炸装置。多颗炸弹被精心安放在乌鲁木齐南、北、西、东四个不同的方向，并且是在乌鲁木齐人最多最集中的地方，所有的炸弹都几乎被定在同一时间爆炸。
5月29日上午，乌鲁木齐市中级人民法院召开公判大会，宣布对“2·25爆炸案”等11名罪犯的终审判决。其中3名主犯被判处死刑，4名故意杀人犯和重大抢劫犯也被判处死刑，1名故意杀人犯本应严惩，但因其被抓后能坦白交待罪行，并揭发其他罪犯，有重大立功表现，被依法判处死刑、缓期2年执行。另3名犯有故意杀人、抢劫、盗窃罪的罪犯被依法分别判处无期徒刑或有期徒刑。这些恐怖分子都是“东突厥斯坦伊斯兰反对党”的成员。
警方资料显示，爆炸案的实施者自发成立了一个非法组织，该组织下设3个行动组:资金筹备组、杀人组和爆炸组。爆炸组又有不同分工，被抓获的吾守尔.艾买提是“2.25”组装者之一，爆炸组的2号人物阿不都拉.木尼亚孜则负责投放炸弹。
十二、上世纪90年代“疆独”和暴力恐怖事件概述
上世纪90年代以来，“疆独”和暴力恐怖事件进入有组织的大肆活动时期，分裂政党与团伙组织成员呈现年轻化、知识化和组织统一化，在1990年的时候，分裂分子在新疆成立了一个叫“伊斯兰改革者党”的暴力恐怖组织，它的宗旨、目标就是企图把新疆从祖国大家庭里分裂出去。九十年代，恐怖犯罪活动在新疆达到一个高潮，在新疆境内制造了至少200多起暴力恐怖案件，造成各民族群众、基层干部、宗教人士等162人丧生，440多人受伤。其中制造爆炸造成死亡的重大恶性案件有4起，包括1991年2月28日库车县客运站录像厅爆炸案，1992年2月5日乌鲁木齐市公共汽车爆炸案，1993年6月17日喀什市地区农机公司办公楼爆炸案，1997年2月25日乌鲁木齐市公共汽车系列爆炸案。有重大影响的恐怖主义暗杀事件有10起，如1996年4月29日阿克苏地区库车县阿拉哈格乡系列暗杀案是后果最严重的恶性案件。投毒纵火类恐怖案件比较典型的有3起，如1998年1月30日至2月18日喀什市发生系列投毒案，恐怖分子在水中投放毒剂，致使4人中毒、1人死亡，并造成数以千计的牲畜死亡或中毒。同年5月23日，适逢周末，由境外恐怖分子策划和指挥，在乌鲁木齐商场、商厦、批发市场、旅社等人群密集区先后投放40多枚化学自燃装置，制造了15起纵火案，扬言“要将乌鲁木齐变成一片火海”。由于及时扑救，恐怖分子的阴谋没有得逞。1998年3月底，恐怖分子对南疆叶城县219国道线36公里处的天然气管道实施引爆，管道被炸起火，燃烧长达3小时，直接经济损失达数百万元。