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反对和阻挠新疆和平解放的乌斯曼及其亲信在新疆东部的山区和牧区策动了一系列暴乱，主要有：1950年3—1951年9月发生在昌吉、奇台、哈密等地的乌斯曼、尧乐博斯、贾尼木汗等为首的武装暴乱；1950年7—11月，乌拉孜拜等为响应乌斯曼暴乱，在绥来（今玛纳斯县）、景化（今呼图壁县）、昌吉及乌鲁木齐南山一带组织的武装暴乱；1951年1—9月乌斯曼的亲信胡赛音、哈力伯克等在甘肃、新疆、青海三省交界处组织的武装暴乱；1951年3月至1952年9月乌斯曼之子谢尔德曼在镇西（今巴里坤县）、奇台、李远（今吉木萨尔县）、木垒县一带发动的武装暴乱。1951年2月19日人民解放军在青海省柴达木盆地以北、甘青两省交界的海子生擒乌斯满。3月14日，乌斯满被押解到迪化，4月29日执行枪决。1952年9月15日，谢尔德曼向人民政府投降，乌斯曼集团彻底灭亡。人民政府将谢尔德曼安置在阿勒泰专区畜牧科任副科长，后调任伊犁州畜牧局任副局长，谢尔德曼一直在政府中工作到病逝。
1954—1957年，阿不都依米提大毛拉秉承境外穆罕默德•伊敏旨意在南疆策划了5起暴乱。即1954年12月和1956年3月的墨玉县两次暴乱，1956年4月喀什地区英吉沙县的暴乱，1956年5月的洛浦县暴乱，1957年4月的和田暴乱。1959年，几位维吾尔族妇女向政府报告了有关阿不都依米提大毛拉的可疑行踪，被我公安人员在地窖中抓获，至此，“东突”分裂运动的残余势力也被粉碎了。
新疆的解放和共和国初期的反“疆独”斗争意义是十分重大的。新疆历史上一直存在诸多地方割据势力，解放前夕就有伊犁等地区的三区民族军，新疆东部的乌斯曼集团，南疆的穆罕默德•伊敏等“东突”分裂运动的残余势力，国民党驻新疆部队等诸多势力。各个势力长期混战，给新疆地区各族人民带来了沉重的灾难。而新疆的解放和共和国初期的反“疆独”斗争不仅维护了中国的统一，也第一次真正实现了新疆地区的统一和稳定，为新疆地区的发展奠定了基础。
特别需要指出的是，共和国初期的反“疆独”斗争得到了新疆地区各族人民的广泛支持。仅以“东突”分裂运动的残余势力阿不都依米提大毛拉在南疆策划的暴乱为例。1950年，阿不都依米提大毛拉计划在和田组织暴动，其他地区配合。然而当时和田各地群众正在轰轰烈烈地开展减租反霸和土地改革运动，分裂分子无机可乘，分裂暴乱计划未能实行。1954年12月墨玉县的暴乱，最早是由墨玉县一名爱国宗教人士向政府报告的。最初聚集了墨玉、和田、洛浦等地的6000余名群众，在政府政策的教育和感召下纷纷离散，只有约300人参与了暴乱。而这300人中，经过教育，多数人也纷纷向公安部门自首。1956年3月的墨玉县暴乱中，在当地干部闻讯赶到后，大多数人不仅放下凶器，并且还反戈一击，当场捕获巴海大毛拉等12名骨干分子，暴乱迅速平息。
二、消灭“疆独”的基础
“疆独”的基础是旧中国残酷的民族压迫和阶级压迫，新中国成立后，在毛主席的领导下，通过消除民族压迫和阶级压迫，在根本上消除了“疆独”的土壤。
毛主席指出，“解决新疆问题的关键是我党和维族的紧密合作”，“要彻底解决民族问题，完全孤立民族反动派，没有大批少数民族出身的共产主义干部，是不可能的”。1949年12月下旬，经中共中央新疆分局决定并报中央批准，首先吸收了赛福鼎•艾则孜（维吾尔族）等15名党员。这15名党员，包括7个民族，少数民族14人，其中维吾尔族8名。为了培养少数民族干部，毛主席当时要求青海、甘肃、新疆、宁夏、陕西各省省委及一切有少数民族存在地方的地委，都应开办少数民族干部训练班，要求新疆在3年内要培养出1万名左右懂得政策又能联系群众的忠实于人民利益的民族干部。我党培养的第一代少数民族干部很快成长起来，成为各级领导班子的骨干。据1950年10月统计，全疆正副专员、县长165人中，少数民族干部为107人。1953年4月，中共中央同意新疆民族区域自治计划草案。1955年10月1日，新疆维吾尔自治区成立。