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八、1996年库车县阿拉哈格乡系列暗杀案
4月29日是穆斯林传统的古尔邦节。1996年4月29日凌晨6时许，以牙生·毛拉买提为首的10名全副武装的恐怖分子分别闯入该乡库纳斯村居民卡吾力·托卡（男，78岁，全国劳动模范、第六届全国政协委员、自治区人民代表大会代表）等4户人家，采用爆炸、枪杀、行刺等手段制造了血腥的恐怖暗杀事件。恐怖分子向卡吾力·托卡家投掷了两枚手榴弹，造成卡吾力及其妻子重伤；卡吾力·托卡的弟弟被连刺7刀致死，其妻被枪杀；卡吾力·托卡的儿子被连刺9刀，其妻被连刺8刀后双双遭枪杀身亡；村干部加甫买买提明被刺成重伤。案发后，公安部门立即对恐怖分子布网搜捕，5月2日晚将这一恐怖团伙截阻在公路上，除一名被击毙外，其余8人均引爆自杀身亡。经查，9名恐怖分子统一配备了武器及服装，随身携带统一的自杀式爆炸装置及救护药品，可见他们是一支实施暗杀等恐怖破坏的专门队伍。
九、1996年叶城县江格勒斯乡袭警案
1996年8月27日，6名恐怖分子袭击了喀什地区叶城县江格勒斯乡政府，将副乡长和一名值班的派出所干部杀害，随后闯入该乡一村，将3名治安员和1名水管员劫持到戈壁滩上杀害。
十、1997年伊宁大规模骚乱
伊宁，位于美丽的伊犁河谷，是新疆天山东部的重镇，来自世界各地的客商云集之地。1997年2月5日，正值农历春节大年初二，上午9时许，伊宁市的大街上突然冲出一伙人，手举横幅，呼喊口号，沿伊宁市主要街道游行。骚乱人群打出“用《古兰经》做武器，全力同卡甫尔（阿拉伯语，意为异教徒）作斗争”等横幅，呼喊着“驱逐汉人”、“建立伊斯兰王国”等口号。到了12时许，游行人数从100多人增至千余人。随后，手持棍棒、砖块、刀具的骚乱分子开始了暴力行为。人民医院门口一对青年夫妇被骚乱分子围住，女的被人揪住头发，胳臂完全反剪过来，脸上用刀乱割乱划，连踢带踏，当场死亡，男的也被打成重伤。一位回家探亲的战士途经前进街时，被石头活活砸死。喀尔墩乡文化站的秘书蒋兆鸣在伊犁街街口被他们用刀捅死后，又被扔进点燃的纸堆里焚烧。一个50岁左右的内地来打工的三轮车夫被暴徒用石头、棍棒活活打死。一家三口人在家中被突然闯入的恐怖分子打成重伤……
警方调查的结果表明，组织“2·5”骚乱的骨干分子是从喀什、和田分别到达伊宁的，属于“东突厥伊斯兰真主党”，他们到达伊宁后就走街串巷，向穆斯林群众说：“不要问我的地址，不要问我名字，我是安拉派来的。”并让群众烧毁身份证、结婚证等政府发放的证件。5—7日，共有7名无辜群众被残忍地杀害，198名群众被打伤，其中重伤50人，另有数人失踪；地方公安干警有30人被打伤，其中重伤14人；共有39辆车辆被砸、被焚，两间民房被烧。
20世纪90年代以来，分裂势力加强了活动，他们最初以维吾尔民间娱乐——麦西来甫的形式搞组织串连，藉此设立了200处麦西来甫固定活动点，参加成员达4000多人。进而于1995年4月30日成立跨地区的“伊犁青年麦西来甫委员会”，并选举了总“哈孜”（即总指挥）、副总指挥等组织者和机构，利用“麦西来甫”的形式，暗中煽动宗教狂热，甚至收缴宗教税；同时还挑拨民族关系，干预基层行政和治安管理。当地政府认为“伊犁青年麦西来甫委员会”的活动远远超出了民间娱乐的范围，对社会秩序和稳定已造成了危害，8月13日，地方公安局传讯了以阿不都黑力力为首的几名顽固分子。“伊犁青年麦西来甫委员会”借此发动了“8．14”非法暴乱，参与暴乱者从200多人增加至800多人。事态平息后，有28名“伊犁麦西来甫委员会”和“8．14”非法暴乱的组织者被拘留，其中依法收容审查5人，批评教育14人，取保候审9人。