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此外，新疆的建设也有很大发展，最有代表性的就是新疆生产建设兵团。早在50年代初，驻疆人民解放军在王震的领导下，响应毛主席关于军队参加生产的号召，弘扬延安精神，开展大生产运动，取得了丰硕的成果。1954年10月25日，新疆军区发布命令《公布成立新疆军区生产建设兵团组织机构及管辖部队番号》，全称为“中国人民解放军新疆军区生产建设兵团”。生产建设兵团成立后，新疆屯垦事业由原军垦农场开始逐渐转变为正规化国营农场，正式纳入国家经济计划；企业化生产代替原军队自给性生产。1958－1960年，全国“大跃进”的形势如火如荼，兵团迅速掀起垦荒造田大兴水利建设高潮，同时，兵团工业生产也蓬勃发展。60年代，大批知识青年到来进一步促进了生产建设兵团的发展，农牧团场基本实现机械化、水利化、园林化。
总之，新中国通过培养出民族干部，实行民族区域自治，开展减租反霸斗争、土地改革、社会主义改造和宗教制度的民主改革等一系列社会改革和大力建设新疆，基本消除了新疆的民族压迫和阶级压迫，促进了新疆地区的发展，基本清除了“疆独”的土壤。
三、“东突厥斯坦人民革命党”的覆灭和“疆独”势力的沉寂
共和国初期的反“疆独”斗争和一系列社会改革可以说给了“疆独”致命的打击，“疆独”已经不可能掀起太大的风浪。但是，曾经盛极一时的分裂势力不可能一夜间彻底灭亡。对部分叛乱分子的宽大处理团结了一切可以团结的力量，但客观上也给一小撮分裂势力提供了蛰伏的机遇。自治区党委确立了“大量培养和提拔本地民族干部”的方针，民族干部成为新疆社会主义革命和建设事业的重要领导力量。但是由于历史和社会的原因，新疆的干部队伍存在着政治不纯的复杂情况，甚至有里通外国分子。这一切表明，反“疆独”斗争仍未结束。
1960年中苏两国关系恶化后，境内的里通外国分子便与苏联串通，阴谋依靠苏联的支持再次制造分裂新疆事件。1962年4月22日，伊塔反革命暴乱事件爆发，在此后的几个月里，在伊犁和塔城沿边的一些地区中国共有边民六万七千余人逃到苏联。毛主席指出，不要怕在国际上丢人，“我看愿意走的不要硬留，我就不相信那边就是天堂，我也不相信他们这样做就是马克思列宁主义！”果然，新疆居民逃到苏联后，发现苏联并不如他人所述的那般美好，十分后悔。有人在来信中说：“这里很坏，坏人很多，晚上一个人不敢走路，有很多贼娃子，公开拿着刀子。总之，这里的人都是为了私有财产而努力。”
1966年，极少数里通外国分子，由托乎提库尔班、尼牙孜•乌买尔、司马义•依不拉音•哈斯木帕尔沙等出面，建立了分裂组织“东突厥斯坦人民革命党”。为了混淆视听，欺骗群众，将组织名称改为与新疆三区革命时期的人民革命党同名，并将成立时间诡称为1960年11月12日，以迎合历史上的新疆分裂政权（1933年“东突厥斯坦伊斯兰共和国”和1944年“东突厥斯坦共和国”两个分裂政权均于11月12日建立）。1968年2月，组成了以托乎提库尔班为主席的“东突厥斯坦人民革命党中央委员会”，及由若干委员和候补委员组成的“东突厥斯坦人民革命党中央主席团”。1969年8月20日，暴乱发生，其中麦盖提县的暴乱分子抢劫了县民兵武器库。在暴乱分子向边境运动时，当地公安及武警分别予以围歼，并缴获了一批枪支弹药及其他凶器。阿洪诺夫等10名暴乱分子被击毙，其余均被俘获。在平息武装暴乱同期，经过周密的专案侦查和新疆地区各族人民的密切配合，自治区公安保卫部门基本掌握了“东突厥斯坦人民革命党”的组织和活动情况，获取了充分、确凿的证据。根据中央政府的指示，自治区革命委员会责成公安保卫部门在全疆范围内依法对“东突厥斯坦人民革命党”分裂集团组织进行了清理和处治，至1970年3月破获全案，确定为“东突厥斯坦人民革命党”成员者1165人，依法惩治230人，做其他处理135人。