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为筹集经费，1991年11月13日，“伊斯兰改革者党”曾在沙雅县制造了解放以来全国最大的一起银行运钞车抢劫案，劫走农行棉花款50万元。然后转移到1000多公里外的喀什叶城县博克苏木乡一个院落里，在这里他们建立了新疆第一个恐怖训练基地，从91年的10月份到92年的6月份他们一共训练了三批62名恐怖分子。在接下来的几年里，他们又培养了数百名恐怖分子，在新疆各地制造了数起暴力恐怖案件。
1992年12月12日，“东突”分裂主义者土耳其伊斯坦布尔召开了第一届“东突厥斯坦民族代表大会”，来自中亚、美国、澳大利亚、巴基斯坦、德国、沙特、土耳其、瑞士等国的30多个分裂组织的头目参加了大会。在此次大会上成立了“东突厥斯坦国际民族联合委员会”，确定了国名（东突厥斯坦国）、国旗（月牙旗）、国歌（夏迪雅）和国徽，标志着境外“东突”分裂主义运动走向联合。1993年4月5日，美国、德国、法国、巴基斯坦、沙特及中亚等17个国家的“东突”分裂组织代表再次在土耳其举行了“东突厥斯坦”国际会议，宣布建立统一流亡政府，任命热扎彼肯为“政府首脑”，发表了独立宣言，并呼吁联合国、国际人权组织和伊斯兰组织向中国施加压力，还声称将与“民运”组织、达赖集团进行“联合行动”。1993年10月，艾尔肯·阿不拉的和阿不都·米吉提纠集17名恐怖分子成立“东突伊斯兰反对党”，该组织成立后迅速发展壮大，造成多次恐怖袭击事件。
1994年11月30日，来自全疆各地的15名恐怖组织和宗教极端势力的代表暗中聚集墨玉县。会议讨论的事项是筹集资金、发展力量，还制定了购买武器、建立“伊斯兰敢死队”等任务。1995年1月14日，“墨玉会议”代表之一吾买尔·买合苏等3人被抓获，根据他们的交代，大部分“墨玉会议”人员落网。1996年10月在和田，来自新疆十几个州（县）的分裂组织代表举行会议，宣布成立“伊斯兰真主党”，通过了党纲、组织建设等七项文件，这标志着境内分裂势力也开始由分散走向联合。
1995年7月6日，和田市宗教管理与统战部门决定改任该清真寺哈提甫（主持）。少数分裂分子乘机造谣和煽动，聚集400多名不明真相的教民，呼喊着“圣战”的口号，拥向中共和田地委大院。少数混在群众中的分裂分子乘乱大打出手，制造打砸抢骚乱，部分骚乱人员还先后冲击了地区公安处和地区行署大院。骚乱中包括公安、武警人员共有67人被打伤。在劝说无效阶情况下，公安和武警果断拘留打砸抢首恶分子，平息了事态。事后法办8人。
1996年初，为了制定统一的行动纲领，确定了严密的组织纪律，“东突”恐怖分子在和田市召开了所谓的“东突伊斯兰和田会议”。在和田会议形成的纲领性文件中，“东突”恐怖势力明确提出要通过制造更大的恐怖活动来宣传圣战与独立的主张，他们提出要“不惜一切代价在幼儿园、医院、学校等人口集中的地区制造各种恐怖活动，形成恐怖气氛，扩大自己的影响。”
1996年11月29日，“东突厥斯坦伊斯兰反对党”分布于全疆11个地州的22名代表，秘密潜入和田市。所有的人都戴着面具，很多人遮掩得甚至连眼睛都看不到。据后来被抓获的参加会议的恐怖分子交代，蒙面是为了让开会的人彼此不认识，以避免“墨玉会议”的疏漏：抓住一个交代出一片。会议研究了新的恐怖暗杀计划和统一行动问题等。将各地代表带来的暗杀名单进行了汇总，在新疆大范围内制造爆炸骚乱具体行动计划。