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应该说，清理里通外国分子是一个非常艰巨的任务，文化大革命是对新疆地区民族干部的一次大考验，为清理里通外国分子创造了条件。在文化大革命中，里通外国分子组织了“东突厥斯坦人民革命党”，妄图借当时的混乱来分裂祖国。然而，当时的中国“疆独”的支持者寥寥无几，里通外国分子们组织“东突厥斯坦人民革命党”使他们暴露了出来，正好方便了中央政府对残余的分裂势力作一次彻底的清理。毛主席和当时公安部门的负责人的正确领导对破获“东突厥斯坦人民革命党”起了关键的作用。破获“东突厥斯坦人民革命党”使新疆残余的分裂分子几乎被一网打尽，是反“疆独”斗争的一次伟大胜利。可以说，如果以后坚持建国以来的正确方针，新疆就不会再出现大的分裂活动，“疆独”活动将逐渐彻底消亡。
四、“疆独”为什么会重新出现、越演越烈？
在毛主席和党中央正确的民族政策和群众路线之下，“疆独”已经归于寂灭，但问题是，1975年重新上台的有些人都要显示自己的“高明”，打着“全面整顿”的旗号，全盘否定建国以来的正确方针，在新疆问题上犯了两个极为严重的错误。一是撤销了新疆生产建设兵团。1975年3月25日，中共中央、中央军委决定撤销新疆军区生产建设兵团及各师建制，所属企事业单位全部移交地方管理。二是释放了几乎全部分裂分子。根据中央1975年8月对“东突厥斯坦人民革命党”分裂集团案的指示精神，经自治区党委决定，对该案的处理重新做了认定。除在暴乱中被击毙和做其他处理的要犯387人外，其余1165人均不定为该党成员，而以犯有政治错误结论。对部分罪恶轻、认罪服法的服刑人员也分别做了减刑或提前释放处理。撤销新疆生产建设兵团使中央失去了一支最有效的震慑“疆独”的力量，释放了几乎全部分裂分子更是使新中国成立以来反“疆独”斗争的成果几乎丧失殆尽。在当时的政治形势下，“疆独”分子不可能掀起大的分裂活动，但是一旦政治形势发生变化，大的分裂活动就很难避免了。尽管后来鉴于新疆农垦事业面临的实际状况和兵团的特殊地位和作用，1981年12月3日，中共中央作出《关于恢复新疆生产建设兵团的决定》，恢复了新疆生产建设兵团。但是，新疆生产建设兵团元气大伤，严重的损失已经无法挽回了。
改革开放开始以后，“翻案风”越刮越猛，致使新疆民族矛盾、暴力恐怖问题开始滋长，各种问题变得越来越严重。首先，在落实政策上，一改过去依靠各族广大劳动人民和基层民族干部的政策，变为大力拉拢极少数民族上层，如以前的贵族（农奴主、巴依）和他们的后代、宗教界的上层人士等，为共和国初期的反“疆独”斗争和一系列社会改革中的“扩大化”“平反”，把一大批拥护中央的积极分子打成极“左”分子。仅仅在宗教界，十一届三中全会以后就为1500个搞民族分裂的人员“平反”并恢复了教职。但是，少数民族上层并未因落实政策对中央怀有感激之心，反而抱怨自己受到的“迫害”，甚至或明或暗的支持分裂势力。另外，十一届三中全会以后，对于共和国初期新疆违反民族宗教政策的汉族干部也进行了“平反”，这种自相矛盾的政策既得罪了汉族干部，又得罪了少数民族干部，使双方的矛盾迅速激化，到了1980年，新疆的区党委扩大会议都开不下去了。胡耀邦把他们找到北京开会，搞了个纪要，其倾向是压汉族干部、抬民族干部。这个纪要一传达，双方的矛盾更加激化。为了挽回“纪要”的不良影响，赵紫阳又让邓力群同志起草了一个复电，强调了一下汉族干部、解放军所起的作用，还讲到新疆党组织成立以后汉族干部所起的作用，强调民族干部和汉族干部要互相尊重、互相团结。这样就形成所谓民族干部要“纪要”，汉族干部要“电报”，种种自相矛盾的政策混乱不堪，使地方干部无所适从，各方的矛盾和对立情绪进一步加剧，新疆很长时间都无法安定。