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4月4日上午，州、县派出的60多干部到巴仁乡做工作。他们到达乡政府，要求广大干部、群众和宗教人士积极同坏人展开针锋相对的斗争。当天下午，30多人到巴仁乡派出所的艾里木·乌拉木家挑衅闹事，切克村也聚集了200多人。下午6时30分，聚事者开始围攻乡政府。晚上9点，喀什武警支队赶来解围，但在乡政府门外的十字路口遭到袭击，两辆汽车的挡风玻璃被歹徒用石头砸碎，司机受伤，车上的13名武警也被石头砸伤。随后赶来的喀什武警6中队再次遭到围攻和毒打，吴勇、田崇峰两名武警战士被杀害，汽车被推倒在桥下，3支冲锋枪、1支手枪、400发子弹被抢走。
4月5日凌晨，则丁·玉素甫纠集约200人，打着手电筒在街上列队行进，边走边念表决心的经文。他们的目标是：拿下巴仁乡，然后扩大地盘，成立所谓的“东土耳其斯坦共和国”。鉴于有群众被“东突”分子裹挟在里头，克孜勒苏柯尔克孜自治州和阿克陶县派领导前去制止说服，但那些人置之不理。当州公安局长带领62名武警前去维持秩序时，在乡政府门外遭到围攻，5名前去执行任务的干警被扣为人质。接着，“东突”骨干分子和被他们煽动起来的不明真相的群众，开始向乡政府的院子里扔石头，两名武警和两名司机被打伤。晚21时，那些人的气焰更加嚣张，前来增援的武警部队遭到拦截和袭击，13名战士被打伤，两辆军车玻璃被砸碎。武警下车将他们驱离后，才得以进入乡政府院内。晚23时，乘一辆小车前往巴仁乡执行联络任务的4名武警干部和战士，又在乡政府旁边的大桥边遭“东突”骨干分子的拦截，被他们惨无人道地用斧头和长刀活活打死。不久，乘另一辆车执行任务的两名武警战士也惨遭杀害，携带的武器装备均被抢走。
6日凌晨，“东突”分子向乡政府大院内投掷了10余枚手榴弹和炸药包，接着开枪扫射，喀什武警四队战士董喜民、杨培忠，五中队战士杜永亮被打伤。此时，武警战士对空鸣枪，以示警告，暴徒继续向乡政府院内射击投弹，乡政府大院的围墙被炸开3个豁口，准备冲进去时，4时44分，武警、公安干警在鸣枪警告无效的情况下，当场击毙正在现场指挥武装暴乱头目则丁·玉素甫；另一名“东突”分子则在引爆土制手榴弹时被击中，手榴弹炸死3名“东突”分子，还有两名“东突”分子也被击毙。
9时，增援的武警部队和各族民兵相继赶到。9时14分，部队迅速控制了制高点，少数暴徒躲进民房，向外射击，负隅顽抗，经过政治攻势和清剿，多数暴徒投降。9时50分，巴仁乡武警暴乱被平息，战斗中击毙暴徒6人。
部分“东突”分子向昆仑山逃窜。我武警部队组成一支23人的马队，冒险向昆仑山进发，喀什、克州所属各县也积极配合，派出公安、武警和民兵连围追堵截逃窜的暴乱分子。5日晚至7日凌晨，英吉沙县武警、公安干警和民兵连在龙甫附近，抓获19名逃窜暴徒，缴获两匹马，30发子弹、3枚土造手榴弹、一把刀子、1060元现金，并根据暴徒的供认，找到一支埋藏的“五四”式手枪。
七、1992年乌鲁木齐连环爆炸案
1992年2月5日，大年初二，新疆维吾尔自治区首府乌鲁木齐的公共汽车、影剧院、住宅楼里被安放了4枚定时炸弹。北京时间晚上9点40分，乌鲁木齐52路16715号公共汽车发生炸弹爆炸。两分钟后，9点42分，30路公共汽车再次发生爆炸。这起系列汽车爆炸案一共造成3人死亡，9人重伤，14人轻伤。在此之前，新疆甚至全国没有人见过这种以危害公共安全制造社会恐怖为目的的爆炸。7个多月后爆炸案告破，这是一个叫做“东突厥伊斯兰改革党”的暴力组织所为。1991年2月28日，该组织首先在库车县客运站录像厅制造了新疆第一起恐怖爆炸案件，造成1人死亡。在乌鲁木齐爆炸案之后，他们又一口气在新疆境内针对无辜公众制造了15起爆炸案。