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解放前的新疆80％的土地掌握在不到5％的地主手里，90％以上的农民都是地主的奴隶，当牛做马，两头不见太阳下地干活，一年下来还吃不饱肚子。从1951年9月开始，在全疆农业区普遍开展减租反霸斗争。至1952年5月，在全疆9个专区的58个县，1500多个乡，近400万人口的地区完成了减租反霸任务。经毛主席和中共中央批准，1952年9月至1953年12月，在新疆农区分四期进行了土地改革，打倒了千百年来压在各族人民头上的地主阶级，彻底废除了封建土地所有制，使345万农民分得737万多亩土地，使各族农民不仅摆脱了汉族反动统治阶级的压迫和剥削，而且结束了本民族内部的以地主阶级为代表的封建势力的压迫和剥削，真正在政治上、经济上得到了翻身。到1957年，新疆基本上完成了对农业、畜牧业、手工业和私营工商业的社会主义改造，标志着在新疆基本上消灭剥削制度，建立了社会主义经济制度。土地改革和社会主义制度的确立，为实现各民族之间的平等互助、团结合作、共同繁荣和幸福生活，开辟了广阔的前途。新疆各族人民由衷地感谢毛主席给他们带来新的美好生活，他们更加热爱毛主席，更加信赖中国共产党。1952年3月23日，疏附县帕哈太克里乡维吾尔族农民在庆祝土地改革胜利的大会上，以长诗形式给毛泽东写了一封致敬信——《献给毛泽东》，倾诉过去的苦难生活，描述土改翻身的喜悦，抒发他们对中国共产党和毛主席无比热爱的深厚感情。和田地区维吾尔老人库尔班•吐鲁木决心要骑着毛驴到北京，去感谢毛主席。这件事一时传为美谈，强烈地震撼人们的心灵。
1958年，经毛主席和中共中央批准，新疆结合本地实际，在伊斯兰教和藏传佛教中开展了宗教制度的民主改革。改革的主要内容有：一是废除宗教中的封建特权，如废除伊斯兰教门宦制度中的“放口唤和教主继承制”等，废除寺庙私设法庭、监狱和刑罚，干涉民事诉讼，擅自委派部落头人、阿訇，私藏武器，干涉婚姻自由，压迫歧视妇女以及干涉文化教育，强迫少年儿童到寺院学经，当喇嘛等；二是废除寺院的土地、森林、牲畜等封建生产资料私有制和高利贷、无偿劳役等剥削制度；三是废除寺庙强迫性的宗教经济负担制度，禁止敲诈勒索群众的财务；四是废除寺庙的封建管理制度，包括管家制度、等级制度、打罚制度和大小寺院的隶属关系等，实行民主管理制度；五是肃清了宗教界内披着宗教外衣的反革命分子，巩固了人民政权，安定了社会秩序，使信教群众能够进行正常的宗教活动。通过对伊斯兰教和藏传佛教的宗教制度的民主改革，使伊斯兰教和藏传佛教摆脱了剥削阶级和反动分子对宗教的控制和利用，革除了长期以来对广大信教群众的宗教剥削和压迫制度，与此同时，还改变了长期以来宗教与民族，宗教信仰与宗教制度，宗教与生活习惯，宗教与行政，宗教与教育不分以及宗教干预国家法律和司法的现象。
当时在进行社会改革时采取了稳重和谨慎的步骤，充分考虑了新疆民族和宗教的特点。例如，1952年5月17日，中共中央电告新疆分局：“在新疆实行社会改革，应充分地估计到民族和宗教的特点，有意识地在民族和宗教问题上作一些让步，以换取整个社会改革的胜利，是完全必要的。”5月26日，新疆分局发出《关于北疆牧区镇压反革命的指示》，没有充分考虑新疆的特点，违背了中央的精神。1952年6月18日，中央电告中共中央新疆分局暂停在北疆的镇反工作。毛主席指出：“新疆工作的成绩是百分之九十，错误是百分之十，但错误性质是严重的，要纠正”。1952年7月15日至8月5日，西北局、新疆分局召开中国共产党新疆省第二届代表会议，习仲勋主持会议，通过了《关于农业区实行土地改革的决议》、《关于在新疆牧区工作的决议》，纠正了新疆分局的错误。1954年，相关政策做了进一步调整。牧主经济实行“不斗、不分、不划分阶级”；民族区域自治、宗教信仰自由等被确定为政府在牧区现行政策宣传的重点。这些政策团结了一切可以团结的力量。