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1996年3月22日，2名恐怖分子枪杀阿克苏地区新和县伊协副主席阿克木司地克阿吉。4月29日，八名恐怖分子在一个晚上连续闯入库车县阿拉哈格乡四户维吾尔族基层干部家中，杀死四人，杀伤三人。5月2日，制造“4·29”系列暗杀案的八名恐怖分子在逃跑途中被警方包围，在抵抗十几个小时之后，恐怖分子采取了极端恐怖行为，自爆身亡。5月12日， 4名恐怖分子在全国伊斯兰教协会常委、新疆政协副主席阿荣汗·阿吉和其儿子去清真寺做礼拜的途中，对其进行袭击，致其和儿子重伤。“伊斯兰反对党”将这一系列暗杀活动称为“断桥赶汉”，他们将反对其分裂图谋的宗教人士都划入谋杀的范围，借此斩断汉民族和少数民族之间的血肉联系。17天内共有24人遇害。
1998年开始，“东突”恐怖势力在新疆的活动发生了一些变化，境内外的“东突”恐怖组织之间的联系大大加强，境外组织直接指挥，派遣在境外经过训练的恐怖分子入境，联络发展境内组织和成员，实施恐怖活动。仅1998年当年，境外“东突”恐怖组织就派遣了100余名各类人员人境。特别是境外“中亚维吾尔民族联盟”，先是密令伊犁地区各恐怖组织“挖地道、修掩体、储备粮食”，做好战备；继则以境外派遣人员斯拉甫力为首的恐怖组织头目在伊宁县召开“七人会议”，密谋里应外合，于6月30日在伊犁举行恐怖暴乱。由于这次会议被侦破，恐怖暴乱分子的阴谋未能得逞。在南疆地区，以艾山•买合苏木为首的境外“东突”恐怖组织“东突厥斯坦伊斯兰运动”任命了吾斯曼•依米提为“新疆总指挥”，派遣其入境，先后在喀什、和田、阿克苏、乌鲁木齐等地建立了分部和15处恐怖活动训练点，训练了100多名恐怖骨干分子，制作了一批爆炸装置。仅在乌鲁木齐就缴获了23枚爆炸装置，以及301箱（6吨多）用于制造炸药的化学原料。
1999年2月4日晚，乌鲁木齐市发生了一起特大持枪抢劫杀人案，被害人遭枪杀后，随身24.8万元现金及一辆桑塔纳轿车彼劫。经初步调查，此案系民族分裂分子所为。2月10日，公安机关抓获了三名民族分裂分子，当场缴获一支自制“六•四”式手枪和一把匕首。10月24日，恐怖分子袭击了喀什地区泽普县赛力乡派出所，造成死、伤各2人，10间房屋、1辆汽车、3辆摩托车被烧毁。
十三、2008年新疆喀什边防支队遭袭事件
2008年8月4日，就在举世瞩目的北京奥运会开幕前夕，喀什市公安边防支队集体出早操，行至怡金宾馆前，突遭两名暴徒驾车袭击，并引发车上的爆炸物，造成16人死亡，16人受伤。
据调查，两名暴徒均为喀什人，年龄分别为28岁、33岁，其中一人为出租车司机，另一人为菜贩。暴徒在作案前经过预谋准备，8月4日晨，趁喀什公安边防支队机关官兵出操之机，驾驶一辆盗窃的自卸大卡车，从背后突然冲向出操队伍，同时引爆两枚爆炸装置，并持刀行凶，被当场制服抓获。警方从现场缴获自制爆炸装置9枚、自制枪1支等。这些装置与2007年1月新疆警方捣毁一处“东突”恐怖组织训练营时缴获的装置相似。同时，警方还在现场缴获2把行凶的刀具及部分宣扬“圣战”内容的宣传品。
2009年4月9日上午11时，新疆喀什地区中级人民法院在喀什地区体育场院召开宣判大会，对暴徒库尔班江·伊米提、阿不都热合曼·阿扎提宣布最高人民法院（2009）刑二复88044042号核准死刑刑事裁定书，并根据最高人民法院院长签发的死刑命令，对两名犯罪验明正身，押赴刑场执行死刑。