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潜伏与暗杀并不如影视剧中精彩。
潜伏是一件漫长、低效却困难重重的工作。尤其是面对中共严密的党组织，国民党特务更显得无可奈何。在上海、武汉等城市，他们还曾通过派遣特务佯装进步人士，打入中共外围机关，或未被中共发现的叛徒主动联系地下组织的短期方式实施潜伏。中共中央向江西苏区转移之后，这类事情便再无成效。
抗日战争期间，国方特务曾经训练青年以进步学生的名义前往延安，试图建立潜伏组织甚至谍报电台，但多番尝试都是血本无归。军统的“汉中特训班”算是最成功的，学员曾经打入边区部分组织，但在中共保卫机构的严密审查下纷纷曝光被捕。据日后发现的国方档案，仍有部分潜伏特务进入了休眠状态，是否传出过有价值的情报已不得而知。
相比之下，国民党特务的暗杀活动尤其是对汪伪政府官员的制裁，显得更加成功一些。军统在这方面更有得天独厚的的优势，早在1933年长城抗战的时候，就在北平六国饭店刺杀了有投日行为的下野军阀张敬尧。抗战爆发之后，军统河内刺杀汪精卫虽然失败，但此后坚持不懈，先后干掉伪军政部长周凤歧、伪外交部长陈箓、伪上海市长傅筱庵等人。
除了刺汪之外，大部分暗杀是通过收买汉奸身边的厨师、警卫、仆人来实施。1939年12月，军统掌握了汪伪特务头子喜欢齐聚上海百乐门舞厅跳舞的行动规律，通过收买舞厅侍应生领班、特务头子身边警卫，在一个月之内接连杀掉了汪伪特工总部厅长何天风、处长陈明楚、潘达、钱人龙等人，使汪伪政权人人自危。
中统在这方面的斩获不多，最著名的是一起失败的行动——沪上名媛郑苹如诱杀汪伪特工总部“76号”首脑丁默邨，此事成了张爱玲小说及李安电影《色·戒》的原型。
特务不会消亡，只会慢慢变化。
除了军统、中统之外，国民党政权中还存在宪兵的“特高科”、陈诚的“调查系”等其他特务机构，所谓“军警宪特”就是所有反人民的特务机关总称。
抗日战争胜利之后，国民政府准备由“训政”阶段进入“宪政”阶段，召集国民大会通过宪法、选举总统。这种情况下，规模庞大的特务组织显得不合时宜、尾大不掉。于是，“中统”被改组为“中央党部党员通讯局”，之后又变化为“内政部调查局”，规模更加庞大的军统在戴笠因空难离世后也被肢解，主体变为“国防部保密局”，警察、武装部分各自独立，不再像之前那般联系紧密。
有的时候，脏活也不全是军统、中统所为，1945年的云南昆明“一二·一” 惨案，在西南联大校园内造成4人死亡、29人负伤，背后主其事者是云南警备总司令关麟征和代理省主席李宗黄。1946年六七月间，西南联大教授李公朴、闻一多接连遇刺，则是继任警备总司令霍揆彰的“杰作”，这件事连军统都不知道是怎么回事儿，当时军统首脑毛人凤还以为是中统制造的事端，了解情况之后大骂霍揆彰是“替（蒋）主席帮倒忙”。
关麟征、霍揆彰因此先后丢掉了总司令的位置。但是社会舆论对此类事件并不松口，常抓住被处决的凶手是否被掉包等事件猛追不放。
1947年6月，武汉市军警宪特人员联合搜查武汉大学，搜捕组织反饥饿、反内战、反迫害游行的中共地下党员，与学生冲突中开了枪，造成3人死亡。国民政府追究责任，不仅武汉警备司令彭善等一批官员被撤职，被指与开枪直接相关的中统特务胡孝扬甚至畏罪投江自杀。当然，认为胡孝扬是伪造自杀以逃避罪责的说法，也有一定的市场。