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三峡工程对环境和生态的影响非常广，其中对库区的影响最直接和显著，对长江流域也存在重大影响，甚至还有人认为三峡工程将会使得全球的气候和海洋环境发生重大变化。
三峡大坝建成10年后，中国三峡集团坚持在生态保护基础上有序开展项目建设与运营，注重工程保护与自然养护的协调统一，采取多种有效措施积极保护陆生生态和水生生态，全面开展水土保持和生态修复工作。
长江三峡工程生态与环境保护监测系统以库区为重点，延及长江中下游与河口相关地区，由27个监测重点站组成，监测内容包括污染源、水环境、农业生态、陆生生态、湿地生态、水生生态、大气环境、地灾、地震以及人群健康等。
三峡大坝为什么不能建：
都是阴谋论者的论调，这么大的项目，国家肯定不会盲目上马，其实三峡项目从孙中山时期就已经开始构思了！
从三峡工程筹建的那一刻起，它就与各种争议相伴。早期的不同意见多偏重于经济和技术因素，普遍认为经济上无法支撑，技术上也无法也难以实现预定目标，并且移民的难度极大。
到了1980年代后，随着改革开放的持续，中国国内关于三峡工程的争论更加广泛，涵盖了政治、经济、移民、环境、文物、旅游等各个方面。
政治争议
三峡工程的支持者们相信该工程将具有巨大的经济和社会效益，并能拉动整个国家国民经济的发展。而反对者们则认为该工程劳民伤财，是政府领导人好大喜功、打算青史留名的表现。
1992年国务院向全国人民代表大会提交三峡工程建设议案的举动，便被广泛质疑是李鹏等领导人刻意要把三峡工程办成「铁案」。当时有人认为人大代表多非专业人士，由他们来决定工程的命运并不合适。而即使在审议过程中，人大代表们也普遍反映国务院提交议案中的可行与不可行理由严重不对称，甚至还抱怨官方用种种手段干扰和影响人大代表的决策。1992年4月7日该议案终于进入表决程序，共有2633名人大代表参与表决，结果是赞成1767票，反对177票，弃权664票，未按表决器的有25人。表决虽然获得通过，但赞成票只占总票数的三分之二左右（67%），是迄今为止中国全国人大所通过的得票率最低的议案。此外张光斗和潘家铮是支持三峡水坝上马的，他们一直用行政手段，压制黄万里，黄万里是用科学的方法论证了三门峡水电站和三峡大坝都不应该建的，但是因为对方掌握了意识形态武器，得到中国的官方支持，使得黄万里的所有观点都得不到发表，都不能够得到任何的支持。最后是用行政手段压制所有的不同意见以后，三峡大坝强行上马。
国务院向各省强制征收三峡工程建设基金的做法，曾一度受到一些省份的抵制，后来在国务院的三令五申下，才勉强募集到位。另外，由于三峡工程引发的许多环保问题，也让它在国际上备受指责，从而难以在海外筹集资金。
在国防安全方面，有人担心一旦中国卷入战争或者遭受恐怖主义袭击时，三峡大坝将成为受袭的目标。不过乐观者认为，轰炸这种关系数亿人民生命的民用目标是严重违反国际法的行为，在现代战争中当不会出现，而三峡大坝极其庞大，一般恐怖组织所使用的手段都难以对大坝造成整体性损毁，即使是炸较薄弱的船闸，由于有五级船闸，而且建于与大坝并不相连的坛子岭，因此也不会引起溃坝。
预期效益和实际情况
三峡永久船闸三峡工程主要有三大效益，即防洪、发电和航运，其中防洪被认为是三峡工程最核心的效益。