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仅九个多月，抢夺衣钵的恶僧继踵而至，大师逃到前山，恶僧就放火烧山，大师隐身于大石中得以幸兔。据说，这块石头上至今仍留有大师趺坐的膝痕及布衣之纹迹，因名“避难石”。慧能想起五祖“逢怀则止，遇会则藏”的嘱咐，遂逃到四会怀集，隐居在冷坑上爱岭石岩（今称六祖岩）， 避难猎人队中。又过了几年，慧能心思，不能老是躲藏，应出山弘扬佛法。慧能来到广州法性寺（即今广州市光孝寺），正值印宗法师登坛讲法，时风吹幡动，一僧说是风动，另一僧说是幅动，争论不已。慧能上前说，二位说的有差，不是风动也不是幡动，是二位心动。一语惊动四座。印宗法师当即请慧能至上席，请教佛法，慧能为之解说，印宗法师合掌钦佩地说，我讲经好比瓦砾，大师讲经犹如真金般灿烂。于是，僧众向慧能行礼，请出示所传木棉袈裟，印宗法师为慧能剃度，拜慧能为师。慧能遂于菩提树下，开东山法门，人称南宗。是年为公元676年。不久，慧能大师回到曹溪宝林寺住持。
慧能说法通俗易懂、直指人心，从见性的角度来修证禅定，求得解脱。什么是佛？佛者觉也，佛就是具足大智慧的觉者。众生佛性平等，佛性本有，一切众生皆可成佛。人的智慧有高低，领悟有快慢，自性本自清净，只有迷悟不同，迷人受六尘（色、声、香、味、触、法）所染着，迷住了心窍，看不到自性，不能自悟，需大智者的引导，用自心的智慧驱除妄念，除真除妄，挣脱束缚，自识本心，自见本性。自性迷是众生，自性觉即是佛。前念迷是凡夫，后念悟即是佛。
佛在哪里？佛就在自己心中，即心即佛，心即是佛。心是地，性是王，王居心地上，性在王在，性去王无，佛向性中作，莫向身外求。一切般若智慧（般若智慧是无上、无比、无等的最高智慧），都是从自性中升华得来的，不是旁人所能授予的。要想自心能离迷离觉，要常用正法作为修证法门。法者正也，僧者净也，直心是净土，但行直心，无有执着，行于真正，真要一切真，不行小道，行正即是道。无论在何处，无论行、住、坐、卧都要让来自心底的真实去支配，不要心口不一。
迷人口说，智者心行。一切万法，本不自有，佛本为凡人说，不是为佛说的，一切经书，因人说有，是为了使人开悟而讲的。法好比渡河的筏子，若坐在河边整天看着筏子，不用它渡河，筏子又有什么用？空心静坐，百无所思，实乃迷人。如果执着于经书的教理，反而会增加认识上的障碍，不能做到即知即行。应用便知一切，用即了了分明。
慧能告诫大家，佛的主旨重在修证身心行为的人生之道，在家也一样可以修行：诸恶莫作，众善奉行，心平何劳持戒，行直何用修禅，恩则孝养父母，义则上下相怜，让则尊卑和睦，忍则众恶无喧。改过必生智慧，成道非由施钱，菩提只向心觅，何劳向外求玄。
慧能大师的讲授，把禅宗的精髓思想演化成令人易懂的开示，方便众生冲破表现佛法语言文字的执障，领悟佛法真谛；打破了当时盛行的讲习经论、辨析名相、专精佛教学理的深奥而繁琐的沉闷学风。“知心见性，顿悟成佛。”有如春风化雨，普润心田，深受社会的自然推重，为广大僧众所信受，流传开来，四方学者汇集曹溪，求大师释疑开悟。千余年前灵山会上，佛祖拈花一笑不立文字、教外别传的禅宗心法，经过慧能的革新，逐渐成为全国公认的最具影响力的佛教宗派。
唐睿宗先天元年（公元712年）七月，慧能大师命弟子在新州国恩寺速建一塔，次年夏末建成。唐玄宗开元元年（公元713年）七月初八，大师告知门人欲回新州国恩寺。八月初三，禅宗六祖慧能大师在国恩寺坐化。十一月十三日，众弟子将大师的衣钵移送至曹溪宝林寺。第二年七月二十五日，慧能大师的弟子、僧众及广州、韶州、新州的官员、百姓将大师的真身迎入宝林寺的塔内，达摩所传木棉袈裟、皇帝的诏书、御赐水晶钵、弟子方辩为大师塑的像也都放入塔内，永镇宝林道场。朝庭钦命立碑，纪大师道行。唐宪宗追谥为大鉴禅师。