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诸多错误观察的原因在于什么呢？我们无法要求古人的观察有多么细致，他们对于已知的（如肺主呼吸）记录下来，而未知的只好套在中医基础理论当中解读，这才造成了诸多如今看起来可笑的错误。如今有人将这些脏腑虚拟化，声称这些脏腑不是特指而是代指的一个概念，并非现代医学意义上的器官。那么这点也在逻辑上说不通，古人连实体尚且粗通皮毛，又如何看得到内在？也有人以“不同的逻辑语言”评价中医认识论与现代医学认识论的差异。实际上即便现代医学中，器官之间以及不同器官的细胞之间存在正负反馈可以用“五行”理论中的相生相克重合，在细节上总是会有很大的出入。而中医基础理论作为一种认识论，作为一种哲学体系的应用，不仅存在与现代医学科学已验证的事实有很大出入，甚至这种认识论的滞后性与缺陷不足以支撑中医实践（第三部分列出的人均寿命部分说明），许多问题得不到解决。
七 中药的现状
谈论这个问题是，首先要介绍药物研发的过程，主要分为开发过程（包括靶标的确立、模型的建立、先导化合物的发现、先导化合物的优化。这些步骤主要是现代医学药物合成的过程）和研究过程。研究过程则包括临床前实验（实验室研究与动物实验）与临床实验（临床Ⅰ-Ⅲ期实验部分可能需要做临床四期实验）。详细内容请阅读药物研发的相关文章。这一段可举的例子太多，而全文其他部分对中药也多有涉及，故从之简略。
中药在世界各国均有不同程度的使用，然而多属非正规药物，并且出过不少严重的问题。如美国麻黄被当做膳食补充品销售，长期服用导致至少12人死亡、心脏病发作和中风；在比利时，至少有70人因为服用马兜铃科草药作为，导致肾脏间质纤维化，而需要做换肾或者血液透析；日本曾使用小柴胡。中药在中国也有着层出不穷的问题。如前些年的蚁力神中查到了西弟那非（伟哥的主要成分），如广西某厂家在维C银翘片加入了对乙酰氨基酚（解热镇痛药）。更严重的则是中药毒性，如台湾卫生署和美国卫生部门发现很多中药中包含汞、砷等，牛黄解毒片每片包含50毫克雄黄，尽管不会分解为砒霜，但是在体内沉积也会伤及心、肝、肾、脾甚至神经系统；2003年发生的龙胆泻肝丸事件导致上百人罹患尿毒症。
以上毒性较重的药物多少有些人为成分，而部分药物长期使用除了具有肾毒性还具有肝毒性。除此之外，中科院院士曾毅曾研究过1600余种草药，其中52种药物具有致癌性。问题是，和现代药物相比，中药之所以有如此多的关于急性毒性的负面新闻，盖是因没有科学的实验，没有统计的根基。
八 中医的现状与中医药的未来
这一段会严重伤害民族主义者的感情。先说说国外。首先是世卫组织。世卫组织在1996年11月意大利米兰会议上提出了64种针灸的适应症，其中大多数提到的是镇痛效应。关于针灸疗效的问题很多国家的医学组织也进行过小规模研究，但是各种实验中均没有发现非常显著的差异（并且针灸实验必定是单盲实验）。关于针灸疗效的机理，有研究结果提出针灸刺激神经系统促进内啡肽的分泌，也有提出脑岛部分活跃的报告，但至今尚未有明确结论。同时世卫组织提醒过某些草药的滥用会导致身体损伤甚至死亡（上一段已经涉及），并提出草药的滥用会导致生物多样性构成威胁。
在美国，中药是作为膳食补充剂使用的，并没有任何中药被FDA批准上市（吐个糟，没有任何中国大陆人生产的药被FDA批准上市）。并且某中药如果声称可以对身体起作用，则必须声明“该说法未获FDA评估。该产品不用以诊断、处理、治疗或防止疾病。”如果宣称对什么病有疗效，属于虚假宣传，会受到处罚。因此执照医生不会在处方中开给病人，医疗保险公司也不会支付看中医、买中药的费用。这样，中药就进不了美国主流市场，只能被边缘化。