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以上两个例子主要是说明中医的有效性往往建立在实践经验而非基础理论的基础上。实际上古时无论常见病还是在某一时段广泛流行的传染病，验方的诊治都是主体。实际上，非科学中医基础理论已经不是中医实践的依托，而仅仅是治疗的说辞。甚至有些时候（如上述的青蒿治疟的误传）以非科学的态度往往导致经验的湮没。
而中医的“有效性”并不能说明仅仅是中医的治疗手段治愈疾病，疾病的治愈以下几方面的原因：1.致病因素的自限性与疾病的自然转归。即致病因素不足以长时间干扰机体，或机体的免疫力足以抵抗、消除致病因素；2.心理因素，通俗地说就是“信则灵”，关于这点司马南在《我是司马南》一书中详细地描述过九十年代末期中国信众最多的非政府组织“确实有效”，流亡美国的李教主确有“一点通”（病患久医不治，被李教主轻轻一点便可以活动）的例证。“信则灵”在当下生物心理社会医学模式阶段的名称便是“心理作用”，如新药研发对照试验中加入的安慰剂也可使患者症状减轻。那么使用中医诊疗手段造成的身体康复是否说明中医真正有效呢？最简单的例子是你低烧时使用抗生素和静养休息不用药之间，最终结果都是康复，但是时间快慢，相信发过烧的人都能体会到。
六 中医领域还未更正的错误认识
上文提及中医基础理论中气、阴阳、五行的模糊性与无限性，这些描述并非科学，却也无法在理论层面被证伪。这并没有关系，因为五行对应着五脏（肝、心、脾、肺、肾），而中医必须面临五脏的功能作用与相互关系。
1.中医把心当成了思维器官，“心者，五脏六腑之大主，精神之所舍也厂”（《灵枢·邪客》）“心者，君主之官也，神明出焉。”（《素问·灵兰秘典论》）西方古代医学也有这种错误的认识，但只有中医至今仍然坚持“心主神明”，而认为五脏和其他脏器都分担着人的精神活动。“五脏所藏：心藏神，肺藏魄，肝藏魂，脾藏意，肾藏志。”（《素问·宣明五气篇第二十三》）“心者，君主之官也，神明出焉。肺者，相傅之官，治节出焉。肝者，将军之官，谋虑出焉。胆者，中正之官，决断出焉。擅中者，臣使之官，喜乐出焉”（《黄帝内经·灵兰秘典论》）这是硬把大脑的功能瓜分给与其他器官了。
2.对于肾，“精神之所舍也；男子以藏精，女子以系胞”(《难经·三十九难》)。这是把肾当成了主要的生殖器官了，这显然是因为注意到精液和尿液都是从尿道排出的。中医不知道肾只是一个排泄器官，而是按照房事之后身体“虚弱”的位置的经验，把肾的作用说得无比重要和广泛，为“先天之本”、“生命之源”，其功能是藏精、主水、主纳气、主骨、生髓，其华在发，开窍于耳，司二阴。于是许许多多疾病都能被说成是“肾虚”导致，几乎涵盖了内分泌系统、生殖系统、泌尿系统、运动骨骼系统、呼吸系统的诸多相关疾病。甚至连传染病，例如“痨瘵”，也被说成与“肾虚”有关。这又是生硬地把肺部的疾患专题到膈膜之下了。
3.其他的器官：脾是重要的储藏血液的场所和最大的周围淋巴器官，具有过滤血液、破坏衰老的红细胞、调节血量、产生淋巴细胞和免疫应答等功能，并无消化功能。中医至今还声称脾主运化，是人体消化系统的主要脏器，通常“脾胃”并称；而储藏和调节血量的功能实为肝所有。中医除了认识到“肺主呼吸”外，还加上了调通水道，负责体内体液的运行和排泄，显然又是把血管的作用套了过来。
以上可见，中医对脏器功能的认识具有过多荒谬之处，与解剖学、生理学背道而驰，基本是错误的。而中医特有的“经络”又是怎么回事呢？“经脉十二者，伏行分肉之间，深而不见；其常见者，足太阴过于外踝之上，无所隐故也。诸脉之浮而常见者，皆络脉也。”（《灵枢·经脉》）“当数者为经，其不当数者为络也。”（《灵枢·脉度》）现代医学解剖学逐渐完善之后，人们发现经络和血管的位置有所偏离，中医界便号称这是两套系统。中医有“血病身有痛者治其经络”（《黄帝内经》三部九侯论篇），“心者血，肺者气。血为荣，气为卫，相随上下，谓之荣卫。通行经络，营周于外”（《难经·论脏腑》），实际上就是在说经络中走的是血，有气为护。为何如此解读，大概是跟古代粗糙的解剖学相关。人死后，尸体中的动脉血迅速排空，而静脉血依然存在，这就是“气血”之说的来源。非独中医如此，古罗马的盖伦也是这样解读的。有人说现代中医学为什么又称“经络是另一条、肉眼不可见的通行系统”呢？这个问题留给读者自行思考。