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第二，缺乏抗登陆作战的起码知识。抗登陆作战，特别是半岛抗登陆作战，应考虑到敌人可能从正面强行登陆，更可能从侧后远方登陆，对主要攻击目标实行海陆夹攻。这是常识问题。然而，清朝最高军事当局对此却无明确认识，更无有效措施。在两次大的抗登陆作战中，都没有事先在敌人可能登陆的地段布置防御，也没有在旅大和威海军港的侧后实行坚守防御的得力措施。日军由花园口登陆时，由于地形不利，遇到不少困难，行动相当缓慢，是清军实施反击，迫敌背水作战的有利时机。可是，无论陆军和海军，都没有及时发现，更未能半渡而击，或机动兵力，在滩头挫败登陆日军。当敌人由侧后抄袭金州时，守军除部分部队依托山地紧急修筑临时工事阻敌进攻外，仍未主动出击。金州南部地势狭窄，形似蜂腰，是旅大的陆路咽喉。清军未能及时调动部队坚守金州，扭转败局，以致旅大后方裸露，咽喉被扼，建设多年的海军基地很快沦入敌手。事后，清军最高当局仍未汲取教训，在山东半岛的作战中重蹈覆辙，使日军得以沿袭进犯旅大的故伎，一举攻占威海，全歼北洋海军。
第三，不懂得正确使用海军。清朝海军军舰大多购自外洋，全部是新式装备，但是，组织编制和作战思想并无多大变化。北洋海军是整个海军的精华，其主要指挥官海军提督丁汝昌却不是海军出身，不熟悉近代海战原则。权力很大的外国雇员汉纳根等也是滥竽充数，并非真有本事。海军作为一个军种，本应有自己的作战计划，并应考虑如何实施海陆协同作战问题。日军渡海作战，夺取制海权是实现其战略方针的关键一着。中国海军为粉碎敌人的战略意图，则必须有计划、有准备地进行必要的海上较量。从当时双方海军力量的对比来看，互有短长。中国四支海军如能在正确的战略方针指导下，密切协同，不分畛域，集中力量对敌，与日本联合舰队争夺黄海制海权或局部制海权，特别是牢固控制渤海海峡，是完全有可能的。即使在黄海海战之后，中国海军仍可实行近海积极防御的方针，以辽东半岛、山东半岛为依托，以旅大、威海各炮台的岸炮火力为后盾，采取陆海协同、岸炮与舰炮相配合的战法，在一定海域内游弋，监视和牵制日本联合舰队的行动，并寻找有利条件下的攻击机会。这样，便可发挥清军兵力优势和本土作战的长处，减煞敌海陆军队的进攻势头，甚至粉碎其在辽东半岛和山东半岛登陆的企图。可是，中国四支海军非但未能联成一气，而且唯一参战的北洋舰队也被李鸿章视为私产，借口“保船制敌”，实行避战自保的消极方针，放弃争夺制海权。而在日本联合舰队已经驻泊朝鲜西海岸港口，并急于寻求与中国海军主力决战之际，李鸿章等又令北洋舰队在思想和物资准备都不充分的情况下执行护送陆军赴大东沟的任务，结果遭到日本联合舰队的袭击，造成了黄海海战的失利。之后，李鸿章故意夸大北洋舰队的损失，进一步压抑爱国官兵巡海迎敌的要求。旅大失守之后，北洋舰队株守威海，作茧自缚，偶尔出口巡弋，西不过登州，东不过成山而已。这种避战自保，坐以待毙的消极方针，终于招致了北洋舰队的全军覆灭。
第四，忽视战略战役侦察。利用各种手段，诸如海上侦察、战场侦察、敌后侦察等等，及时准确地获取战前定下决心和战斗进程中实施正确指挥所必需的有关敌人的兵力配备、作战意图、主攻方向、武器装备等方面的情报，是保障作战胜利的首要环节。日军在这方面下了很大功夫，战前对朝鲜全境和中国东北等预定作战地域的地形、天候、海岸设防、军队编制、驻防情况等无不一一探明，了如指掌，并进行了充分的有针对性的战争准备。战争进程中，同样十分重视战略战役侦察，连续获取可靠情报，据以定下决心。清军的情况正好相反。由于战争准备不足，对敌人的情况、战略意图等事先缺乏了解，战争过程中又忽视战略战役侦察，往往主观臆断，或被敌人的佯动所迷惑，以致对敌人主攻方向一再判断错误，造成极大损失。