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满清王朝和民国政府治疆采用的方法基本上是胡萝卜加大棒，却未真正解决新疆根本问题。真正使新疆问题得到控制和改善是中国共产党及毛泽东：政治思想(阶级斗争)加铁腕。但改革开放之后，泛突厥主义思想的侵入和深化，加之伊斯兰原教旨主义及极端宗教思潮的渗透，让新疆问题变得更加复杂。
当代新疆问题生成缘由 人们不解和困惑，为什么近5年来新疆暴力恐怖事件频发？新疆为何突然间变得愈来愈不稳？其实，冰冻三尺非一日之寒，当代新疆问题生成可追溯到四十年前。
严格的说，在新疆问题上出现严重的失误始于改革开放前的1975年。当时，在中央及新疆高层部分人打着“全面整顿”的旗号，全盘否定建国以来的民族政策及方针，在新疆问题上犯了两个严重的失误。
一是撤销了新疆生产建设兵团。早在上世纪50年代初，驻疆人民解放军，在王震将军的领导下，响应毛泽东关于军队参加生产的号召，弘扬延安精神，开展大生产运动。1954年10月25日，新疆军区发布命令《公布成立新疆军区生产建设兵团组织机构及管辖部队番号》，全称为“中国人民解放军新疆军区生产建设兵团”，于同年11月1日正式运作。生产建设兵团成立后，新疆屯垦事业由原军垦农场开始逐渐转变为正规化国营农场，正式纳入国家经济计划；企业化生产代替原军队自给性生产。60年代，全国大批知识青年到来进一步促进了生产建设兵团的发展，农牧团场基本实现机械化、水利化、园林化，新疆现代工业基础主要由生产建设兵团缔造。然而，1975年3月25日，中共中央、中央军委却做出决定：撤销新疆生产建设兵团及各师建制，所属企事业单位全部移交地方管理。
二是几乎释放了全部民族分裂分子。1966年，文化大革命爆发，由托乎提库尔班、尼牙孜·乌买尔、司马义·依不拉音·哈斯木帕尔沙等建立了全疆范围内的分裂组织“东突厥斯坦人民革命党”，将组织名称改为与新疆三区革命时期的人民革命党同名，并将成立时间定为1960年11月12日，与历史上的新疆分裂政权(1933年“东突厥斯坦伊斯兰共和国”和1944年“东突厥斯坦共和国”均于11月12日建立)。1968年2月，正式建立全疆统一的集团组织，组成了以托乎提库尔班为主席的“东突厥斯坦人民革命党中央委员会”，及由若干委员和候补委员组成的“东突厥斯坦人民革命党中央主席团”。1969年8月20日，暴乱发生，其中喀什地区麦盖提县的暴乱分子抢劫了县民兵武器库，当地公安及武警分别予以围歼，并缴获了一批枪支弹药及其他凶器，阿洪诺夫等10名暴乱分子被击毙，其余均被俘获。这是一起新中国成立以来发生在新疆的规模最大的有组织、有纲领、有计划、有行动的分裂集团案件，据统计涉案人员达5000余人。在获取充分、确凿的证据的条件下，然而，1975年8月自治区革委会却对“东突厥斯坦人民革命党”分裂集团案处理重新做了认定：除在暴乱中被击毙和做其他处理的要犯387人外，其余1165人均不定为该党成员，而以犯有政治错误作为结论；对部分罪恶轻、认罪服法的服刑人员也分别做了减刑或提前释放处理。
撤销新疆生产建设兵团使中央失去了一支最有效的震慑“疆独”的力量，几乎释放了全部民族分裂分子更是使新中国成立以来反“疆独”斗争的成果丧失殆尽。在当时的政治形势下，“疆独”分子不可能掀起大的分裂活动，但是一旦政治情势发生变化，大的分裂活动就很难避免了。