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对审查起诉期限延长和退回补充侦查制度的变通执行，是司法实践中出现的现实问题。对于司法实践中的问题，一定要立足司法实践去解决。要处理好这个问题，保证刑事诉讼法的正确实施，需要处理好普通刑事案件与重大、复杂案件的关系，办案期限固定与灵活的关系，执法办案质量与执法效率的关系、法律监督机关与侦查机关的关系。
第一，明晰延期、退查案件的法律规定。要结合司法实践，正确地认知重大、复杂案件，处理好承办重大、复杂案件与一般刑事案件的关系。重大，一般是指案件涉及区域广、范围大、人数众多、媒体高度关注、社会危害性大、影响深远等，如：重大的危害公共安全、国家安全犯罪、严重暴力犯罪、黑恶势力、犯罪集团犯罪、涉众型经济犯罪等；复杂，一般是指案件涉及法律关系数量多，案件发生、发展过程变化较多，涉及的人和事多，案件证据量大、案件事实、处理意见分歧较大等。或者新型、疑难案件等，普通刑事案件一般不具备上述特征。
认定重大、复杂案件，还可以参照《刑事诉讼法》第156条关于期限届满不能侦查终结，可以延期两个月的规定：（一）交通十分不便的边远地区的重大复杂案件；（二）重大的犯罪集团案件；（三）流窜作案的重大复杂案件；（四）犯罪涉及面广，取证困难的重大复杂案件。具备上述特征的案件，依法可以纳入《刑事诉讼法》第169条规定的重大、复杂刑事案件的范畴。而对于一些轻微刑事案件，事实清楚、证据确实充分、嫌疑人认罪、对案件事实和适用法律争议不大的案件，笔者以为应当严格按照法律规定的审查起诉期限办理，要严格限制延长审查起诉期限。对于案件之中仅仅是缺少一两个证据，于整个案件而言，关系不大的证据，能在审查起诉期限内自行侦查的，建议不要退回公安机关补充侦查，为减少退回补充侦查对时间的延误，并且能及时补充相关证据，检察院在可能的情况下，应当以自行侦查为主。
第二，注重审限内一般和特殊情况的综合协调。由于法律关于一个月审查起诉期限的固定性和实践中一个月实际天数、实际工作日数不尽相同，加之遇到国家法定节假日以及嫌疑人强制措施的不尽相同等情况，使得承办人在运用审查起诉期限的实际情况差距较大，甚至可达三个工作日。因而，有必要注重审查起诉期限的一般规定和特殊情况的综合协调，既考虑工作的实际情况，又科学测定案件办理需要的实际天数，尽量做到审查起诉期限的一般性与原则性规定相结合，固定月和实际工作日相结合，可以考虑普通刑事案件审限固定，重大、复杂刑事案件审限相对灵活。这样既可以让办案人员对案件的侦查、审查起诉有着明确的指引，又不会因为期限的固定而不得不另辟他径延长审查起诉期限。
第三，科学调动公诉人工作的主动性和积极性。（1）检察机关要进一步加大公诉人队伍的培养和锻炼，促进公诉队伍的良性增长，特别是对年轻公诉人，要敢于压担子，帮助公诉人快速成长，积极有效应对当前执法办案现实和对公诉人专业化要求提高的趋势；（2）要提高案件审查的效率和水平，必要进一步改进检察院的工作机制，减少不必要的工作流程，提高案件流转的效率，特别是利用好简易程序、庭前会议等制度，做到轻微刑事案件和重大、复杂刑事案件的区分办理；（3）要加强管理能力培训，进一步提高领导管理能力，合理借鉴现代管理制度，以现代管理理念武装领导的头脑；（4）强化检察院规章制度建设，比如建立案件承办公开公示制度，将承办人月度、季度、年度案件承办数量、质量等进行公开，并且直接和年度考核、评优提职相挂钩，通过制度建设切实克服工作中存在的形式主义，形成争先创优、永争第一的良好工作作风。