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理论上说，在政协这个组织中，作为执政党的中共和作为参政党的民主党派都享有宪法和法律赋予的政治自由、组织独立和法律地位平等，都可以党派组织的名义开展调研，发表意见和主张，开展活动，提出提案和建议案，并可要求执政党和政府有关部门进行认真研究和作出答复。在协商国家大政方针时，各党派之间也是平等交流、协商、相互信任，相互尊重，按照宪法和政协章程的规定，行使自己的民主权利。
政协的这种性质和作用是通过其三大职能来实现的，即政治协商，民主监督和参政议政。所谓政治协商，指的是对国家和地方的大政方针以及政治、经济、文化和社会生活中的重要问题在决策之前进行协商和就决策执行过程中的重要问题进行协商。所谓民主监督，指的是对国家宪法、法律和法规的实施，重大方针政策的贯彻执行、国家机关及其工作人员的工作，通过建议和批评进行监督。所谓参政议政，指的是对政治、经济、文化和社会生活中的重要问题以及人民群众普遍关心的问题，开展调查研究，反映社情民意，进行协商讨论。通过调研报告、提案、建议案或其他形式，向中共和国家机关提出意见和建议。
在这三大职能中，又首重政治协商，它是政协的灵魂，从本质上反映了政协的特性，也是政协存在、发展的根本依据。事实上，中共建国就是中共和其他民主党派及爱国人士协商的结果。其他两大职能则是政治协商的拓展和具体化，政治协商本身涵盖了民主监督和参政议政两大方面，协商的过程，协商所提出的意见建议，包括一些批评，就是民主监督、参政议政的过程。
由此来看，政协主席兼任中共各级党委常委，确实不利于宪法和政协章程规定的其职能的发挥，从而也不利于政协作为一级组织的发展。如上所述，中共虽是执政党，但在政协组织内部，它和其他民主党派的法律地位是平等的，所以，中共在表述它和其他党派的关系时，用的是“长期共存、互相监督”，“肝胆相照、荣辱与共”，并将其作为处理双方关系的方针来遵守，否则，逻辑上讲，就不可能有平等的政治协商。因为如果一方是领导，另一方是被领导，这样的关系就不可能产生平等的协商，被领导的一方只能是遵守和执行领导一方的决议，所谓协商不过是一种徒有其表的形式。而政协主席，也就类似于西方国会中的召集人角色。政协主席安排由中共党员担任，并不表示其在法律意义比其他民主党派要高，它只是中共作为执政党在政协中体现其执政地位的一种形式。
然而，假如政协主席身兼执政党各级党委常委，成为执政党最有权力中的一员，性质就起了变化，会导致其身份及所领导的政协机构逻辑上的困境。政协在法律上，既不属于国家机构体系内的国家机关，也不同于一般的社会团体，它是中共领导的人民民主统一战线的组织形式和党派协商的平台。换言之，政协既不像人大一样有立法权，也不像法院和政府一样有执法和行政权，因此，它不属于法律意义上的权力机构。人们一般说政协和政协主席有权，这里的“权”是就日常经验和它实际所起作用而言的，这个意义上的“权”正是由政协主席成为执政党的领导人而被自然拥有的。
在中国的宪法和政治制度中，执政党被赋予领导国家的权力，因此，它虽然不是国家权力机关，但它“领导”权力机关和其他政治机关，也就产生了实际的权威。这样，作为执政党权力体系中的一员，政协主席自然也就拥有这种比权力还大的权威。通俗地讲，你可以不听政协主席的话以及他代表政协而作的决议，但你不能不听他作为党的领导的话及代表党而作的决议。正因有了这层关系，政协才会被社会所重视，各路精英才会对成为政协委员趋之若鹜。