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从中国古代法律制度中传承下来的追求实质正义的心态也是错案追究制度失效的根源。韦伯在论述中国古代的法律制度时，将其视为“反形式主义”的制度，并认为中国人往往愿意寻求实质的公道，而不是形式的法律。这种制度缺乏理性的立法和理性的审判，法官对任何大逆不道的生活变迁都严惩不怠，不管有无明文规定，“最重要的则是法律适用的内在性质：有伦理倾向的世袭制追求的并非形式法律而是实质的公正” ②，因此，法官承担着维护法律和伦理的双重使命。在这种法律制度下，法的形式理性是得不到遵守的，更强调的是伦理意义上的实质合理性 ③。这种特点在中国当代的司法实践中仍留有深刻的烙印，从司法官员到普通民众都存在着一种忽视形式上的法律制度和法律程序，而关注实质上的公平和正义的心态。因此，在大多数人所理解“错案”，不是程序上的错误而是实体上错误。虽然最高人民法院对此有着比较清醒的认识④ ，但在这种普遍观念的支配下，各地方法院均将其设立的错案追究制的核心定位于对裁决结果实体错误的追究，而不是对法官违反程序或对其个人操守的追究。并将其作为实现司法公正的基本制度保障。
从制度设计本身来看，制度设立者过高地估计了追究实体错案的责任对法官的约束，对实体判决错误的追究并不足以防止法官偏私，这也是此制度失效的重要原因。法官在裁判时产生偏见的情况是时有出现的，这种偏见可以分为无意识的和有意识的。首先我们不能期望法官在审理案件时象机器一样没有自己的意见，态度和情绪，特别是在当代价值多元化的社会，法官审理案件必然会体现出自己的价值观念，不可能也没有必要象计算机一样在一端输入法律和事实，运行程序便在另一端输出毫无主观倾向的判决。但有时法官在执法过程中，个人的价值观和个人看法表现得太突出，便会被持其他价值观的人所指责，认为对某个特殊的团体或者特殊的观点具有成见。这种偏私属于无意识的偏私。法官在承办某些易引起强烈情绪的案件时可能经常会发生这种情况，例如涉及罢工、示威、游行、民族问题之类的案件，法官本应该严格按照法律处理，但往往法律并不能满足事实的要求，因而法官不得不参考公共舆论、政策和内心信念作出判决。这样的判决对某一方来说始终是带有偏私的，但依据实质正义追究错案的制度根本无法对此进行约束。
有意识的偏私来自外部利益的影响。法官是人而不是神，同样具有个人的利益要求，同样追究最大化的利益。各地法院对错案所追究的责任无非是通报批评，扣发奖金、工资，在一定时间内剥夺某些资格，但是在司法实践中，法官处理和自己的利益有直接或者间接联系的案件时，通常就会权衡一下作出不公正判决所承担错案的责任与自己所取得到收益之间孰重孰轻了。这种收益是广义上的收益，不仅包括当事人行贿、请客送礼给法官带来的经济收益，还包括法官所处的熟人社会中如人际关系，舆论影响，权力干涉等等压力给法官带来的负面收益，正如顾培东教授所指出：“法官的利益要求并不是单值的经济和权力要求，而是多种要求的综合体，并且，各种要求在经历过若干次盘算或下意识的权衡后才能反映出来。”⑤所以，从制度本身的设计来看，错案追究制度最多只能促使法官公正审理与其价值无涉的案件，一旦案件和法官甚至和法院的利益沾上关系，错案追究制度的约束作用就要大打折扣了，但不幸的是，存在司法不公的案件通常都属于后一类案件。