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从客观上说，错案追究制度对抑制司法腐败，保证案件质量起到了一定的作用，但从实际情况来看远远不如人们所预期的作用那样大。此外，目前各地法院设立的错案追究制度界定错案的标准并不科学，导致了一系列与设立此制度的初衷相违背的负面效应。
其一，实践中的错案追究制度，在没有赋予法官豁免权的情况下以实体判决为主要追究对象，使法官在小心翼翼的处理案件的同时，除非有百分之一百的把握，否则宁愿放弃判决的权力，想方设法使案件进入审判委员会讨论，而不愿冒日后被追究错案责任的风险，这使得审判委员会无可奈何地陷入了没完没了地讨论具体个案的泥沼。同时法官也因有审委会作为挡箭牌而不思进取，法官的素质很难得到提高，更加不敢独立判决疑难案件，遇到的疑难案件又被提交到审委会讨论，因而形成一种恶性循环。
其二，错案追究制使法官不愿意真正实现审判独立。因为审判独立的最终实现是建立在法官独立的基础之上的，真正意义上的审判独立要求法官拥有相对独立的思考和行动的权力，但法官独立必然使法官权力，在中国目前法官整体素质较低的情况下必然要求建立法官独立承担责任机制，而错案追究制度使得法官承受了过重的压力。
其三，实践中，各地法院均将是否为“错案”的最终判定权赋予本院的审判委员会或专门设立的案件质量监督小组。但大多数错案都属于疑难案件，而《法院组织法》规定，审判
委员会具有对疑难案件的裁判权。因此，大量的错案都是经审委会讨论决定或由审委会、案件质量监督小组成员审理的案件。即便不是如此，这些错案也因由庭长、院长层层把关审批的做法使得庭长、院长成了案件的连带责任人。然而，正是由这些人决定案件是否为错案，这显然违背裁判者不得自断其案的自然正义原则，使人不得不对错案追究制的公正性产生了怀疑。
其四，实践中的错案追究办法，把诉讼中的后一道程序对前一道程序的否定作为对错案及其责任的宣告，使得相对前置的诉讼阶段上的办案人员为了降低被后一道诉讼程序否定的风险，刻意加强和后一诉讼阶段上的办案人员的“沟通”，如目前相当普遍但并未有法律明文规定的“案件请示制度”。错案追究制就是其存在具有“合理性”的重要原因，这便模糊了诉讼程序之间的事实界限，使得程序之间的相互监督约束也因此而被弱化，最终又损害了司法公正。
其五，错案追究制只有约束机制而无激励机制，法官少办案就少错案，不办案就无错案，而且对案件的判决又不能象英美法系国家那样形成判例为后人遵循，这导致大家都争办易案，躲避难案，遇到疑案，宁愿久拖不决也不愿承担错案风险，不仅影响了法官审理案件的积极性，也常常使正义的实现成为 “迟来的正义”。
二、错案追究制度失效的原因
从认识论的角度看，人的认识虽然有至上性，但在一定时间空间范围内具有有限性，而案件的审理有法定期限制限，社会的司法资源也是有限的，因此不可能为了探求某个具体案件的客观真实无休止地投入无限的司法资源进行调查。法庭上认定的事实只能是一种法律真实，即根据证据确定的案件事实。这种真实是一种法律拟制或推定的真实，可能接近于客观真实，但与客观事实便难免有所出入。因而法院审理的案件不一定能够完全根据案件的客观真相进行判决，只能依据双方当事人提出的证据遵循一定的证据规则进行。如在民事诉讼中，举出优势证据的一方为胜诉方，刑事诉讼中以控方证据是否达到最高证据标准来裁判嫌疑人是否有罪。而且法律本身也具有不确定性，一方面立法滞后，很多现实生活中的新现象缺乏相应的法律规治，另一方面，法的内部并不和谐，我国本着立法“宜粗不宜细”的原则产生的法律很多都仅仅是原则性规定，不具有可操作性，法律法规之间相互冲突的情况也不胜枚举，这导致了很多情况下不同法官对同一案件作出的判决所适用的法律仁得见仁，智者见智，很难认定谁适用的法律适当。可见，目前以实体错案作为追究法官责任的标准的规定虽然冠冕堂皇，但并不客观，实践中以此来认定错案往往很难把握，还可能导致错案范围的扩大化。