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其五，有的部队在清理住房时，对一时想不通暂不愿搬出的、或对限时搬出有一定实际困难的、或有其它原因双方未能达成一致意见的转业干部，不是通过细致的思想工作，分清主客观原因，实事求是的解决相关问题，因人制宜的商定搬出时间。而是在所谓限时令内采取毫无人性的强制手段，或断电、停水，或封门、堵下水道，或哨兵不让进院区，有的甚至掀屋顶、派兵强行搬出室内家具，有的甚至公闯民宅、侵犯个人私有财产、侵犯人权。他们这种行为还是我们服役过的人民军队吗，还是我们原来的“娘家”人吗。凡此种种，极大的伤害了转业干部对部队的感情。
其六，有的部队利用部队在地方的影响，通过地方政府给转业干部施压。如江苏省军区在清房时，由省纪委牵头清理在江苏的转业干部住房，开始后犹如一场声势浩大的运动。省纪委强行要求转业干部只要有军地两处住房，必须限时与部队签订退房协议和限时交房，在没有限时交房前规定个人不得上班和不得参加本单位竞争上岗（因当时政府正进行机构改革），甚至明文规定“对单位督促有关人员退房不力的追究单位有关领导的责任”。清房属正常的常态工作，多年来军地普遍存在，怎么在清房中唯独对转业干部由纪委来强制执行，转业干部是违纪吗。转业干部为求一份来之不易的第二次就业岗位，为养家糊口，为不使本单位领导受牵连，四面受压，强忍不满，含恨签交。部队这一招看似高明，通过非正常手段是赢得了一些住房，但他们输掉的是地方和转业干部的人心。
其七，既然是转业干部，既然是两处住房，那肯定是部队服役在先，转业到地方在后；部队分房在先，地方分房在后。按部队这种逻辑，地方则完全可以提出凡在部队已有住房的转业干部到地方后一律不分房，，那什么事也就没有了。为什么地方在接收转业干部后，特别在分房或补差分房后，必须要交出部队住房，还要倒过来承担补差费用。对转业干部应该可根据个人上班等因素有权选择军地某一处住房，不达标的面积补差应有收回住房的一方负责，补差标准应按当地当时商品房平均价计发，并且由国家军地双方行文来统一规范处理全国军队转业干部住房问题才合理，不能由某一部队、某一地方自定政策，各行其是。部队单方面强调要支持国防建设，难道部队不应该支持地方建设吗。再说，部队强调部队住房紧张，我军从八十年代初开始裁军百万，很多包括大军区、军、师、团级和后勤系统成建制撤销，部队空出那么多住房也未移交地方。目前，驻城市部队特别是领导机关和后勤系统有多少房屋用于出租，他们利用国有土地建房出租，与民争利、坐收渔利现象在社会民众中有目共睹，反响强烈。
其八，清退军队住房时，部队应根据实际情况给予转业干部一定的装修、搬家等费用补偿。因转业干部在服役时，还不知道自己何时转业，转业到地方后能否分到住房，并且当时全国还未实行住房体制改革，当时的转业干部又不像现在转业干部还有住房公积金。当时对所分住房一般认为将打“万年桩”，肯定要进行必要的装修改造，这些政策的不连贯不是个人造成的。部队在清房时对装修费用提出评估折旧，一般不肯补偿或少之又少。如按部队这种说法，地方在拆迁中很多属解放初期前后的旧城居民区，经评估折旧后早已大大超过了负数，而地方政府在拆迁中一般都根据其面积按当时当地的市场平均价给予赔付。部队在收回住房时，难道不应该承担相应的改革成本吗。
其九，对少数还未交出部队住房的转业干部，有的部队又拿出总政、总后联合下发的《军队住房违规问题处理办法》（后发﹝2007﹞2号命令）来对转业干部说事。该文显然主要是针对现役干部和之后出现的占有军队内部两处住房的，不然何以命令行文，当然文中特别指出“一处住房已达标的只能保留一处，其余必须腾退”。怎么对转业干部交房只讲“两处”，不提“达标”呢。