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其一，部队清理住房，对绝大多数转业干部来说是能够充分理解支持的。但政策要合理，措施要配套，方法要得当。“两部”107号文件中明确表述“在军队和地方两处住房的地方人员，其在地方的住房达到当地政府规定的职工住房建筑面积核定标准的，必须退出军队住房”。这里关键词很清楚是“达标”二字，即在地方所分住房已达标的必须退出军队所分住房，也就是清理的对象主要是指在地方所分住房已达标的这一部分转业干部，不是普遍意义上的军地两处住房。显然这一政策规定是合理的，对在地方所分住房已达标的转业干部在清房中无话可说，在实际执行过程中也是理解配合的。
其二，关键的问题是，有的部队在清房中开始在制定政策时就违背了上级规定，将在地方所分住房已达标的军地两处住房篡改为单纯意义上的军地两处住房，去掉了“达标”这一根本合理的要素。一开始就将清房工作引入歧途，不可避免的引起了诸多矛盾。据说清理部队转业干部住房是由江苏省军区率先发起的，不过值得质疑的是“两部”文件是2001年5月25日发布的，《解放军报》2001年1月15日就报道了江苏省清房成绩喜人了，不知他们依据的是哪个上级规定。由江苏省军区通过江苏省地方政府下发了《关于军转干部及有关人员军地两处住房清退处理意见》，在意见中明确提出“凡在地方已有住房的转业干部，必须退出军队住房”。很显然意见中混淆了两处住房的概念，只讲已有，不提已有住房的实际；只讲“两处”，不提“达标”，这既违背了上级规定也不合理。因转业干部军地两处住房千差万别，如有的转业干部在地方是分有一处住房，但其面积并未达标；有的差距很大；有的所分住房甚至就是过渡性的非成套的住房；更有的军地两处住房加起来也不达标或勉强达标。部队对类似情况是完全清楚的，他们不顾事实，借上级规定断章取义，为我所用，说穿了就是单纯从部队利益出发，根本不考虑转业干部的利益。由于清房工作是由江苏省军区率先发起的，部队又将其不合理的做法作为经验推广，所以在很多部队中起到了错误的示范作用，在军地双方引起极大反响，特别转业分配在江苏省的和江苏省军区的转业干部受到极大的伤害，也给清房工作带来极大障碍。同时，他们在清房中只给转业干部出示他们自己定的新规，而不拿出国家的文件规定，所以很多转业干部并不知道就里。
其三，有的部队提出转业干部在地方住房面积未达标的由所在地方单位负责补差，这又是一厢情愿不切实际的空心汤团。要知道在这之前转业干部都分在不同性质的单位，并不像在之后规定统一分在国家机关和事业单位；且这一补差经费并非是由国家和军队统一拨付的，部队有没有考虑过如何保障这一政策的落实。所以地方很多单位补差标准不一，有的根本就执行不了。以江苏为例，一般国家机关和事业单位每平方米补2400元，一般企业按住房补贴每平方米补700多元，这点钱在房价高企的情况下怎么能够补买达标，而更惨的是分在效益不好的企业单位根本无法兑现落实。部队这一规定完全从部队利益出发，把矛盾推向地方，推向转业干部本人。对这一实际由部队单方面作出的规定地方有口难言，更让在部队服役了半辈子左右和奉献了最好青春时光的转业干部个人承受改革成本，这自然非常不合理。
其四，有不少转业干部在地方分房时，因地方考虑其在部队已有一处住房，大多采取的是补差的办法，或因部队有住房、或军龄不算工龄、或到本单位的时间等因素，在分房时打分排名靠后。地方这种分房原则当时对转业干部来说应该是公平的。而后部队再出清房政策，并不顾事实，不考虑前因后果，一味强调“凡在地方已有住房的转业干部，必须退出军队住房”，这是什么逻辑。当时我国刚刚推行住房体制改革，这种不尊重历史，在清房上明显缺乏政策的连贯性、合理性、全面性，更缺失与之相配套的措施，这对转业干部公平吗。