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实际运行中，大纪检组模式也遇到了不少问题。最大一个就是与原有体制如何对接。
首先，是改革后的驻在部门如何适应新体制。大纪检组改革撤销了原派驻纪检组及编制，但纪检工作并没有带走。于是，这些单位又分别明确一名领导分管党风廉政建设工作。一些具体工作则由局办公室来承担。
一名三门峡干部告诉廉政瞭望记者，去年他们单位开党群纪检会议时，副局长和纪检组副组长一同参加，副组长提要求，副局长则做工作回顾及部署。2009年起该市每年开纪委全会，也会有各单位分管党风廉政建设的官员参加，“但他平时基本在忙业务工作”。
还有一个问题是，纪委内部机构如何整合。大纪检组改革使纪委队伍壮大。但市纪委领导分工是按业务，大纪检组是分片，如何分管、由谁来分管成了 难题。大纪检组和委局各室的关系也有待理顺，但由于涉及到权力调整，调整到位殊为不易。
改革中，一些纪检干部还感到，大纪检组面临着“完全出来之后，如何融入”的问题。有人认为，大纪检组办案的功能虽有强化，但日常监督受到很大影响。虽然大纪检组参加了很多驻在部门的会议，其监督的力度依然有限。
时任三门峡市纪委书记申黎明也曾在一次会上透露，大纪检组存在对驻在单位工作知情不到位的问题。
有一次，某单位准备“跨省”到距三门峡50多公里的山西运城开年终总结会，“他们明天要走了，今天才给我们说”。有纪检组长透露，自己及时纠正了，但如果他们不报告，就“这个没法”，只能“出了问题咱该查就查”。
即使大纪检组能“融入”进去，能否发现问题，也颇受外界关注。他们要监督这些单位重大事项、干部任免、重大项目建设等，就要做到专业化；要同时监督几个部门，还要有丰富的知识结构。一些纪检组人员要达到此目标殊为不易。
此外，按党章要求，三门峡市设党委的部门，纪委书记仍然保留。其中包括系统大、权力集中的交通、工信、教育、卫生等部门，以致有人发现“有些腐败易发、高发的单位并不在大纪检组改革之列”，质疑改革并不彻底。
纪检组变“巡视组”，形似神不似？
在中央加强纪检派驻机构统一管理的背景下，有专家认为，现在看来，尽管三门峡的探索有不足，甚至出现尴尬，但其初衷与当下中央纪委的要求有相通之处，如突出“监督主业”；一些做法，如纪检组长人选由市纪委商市委组织部提名并考察；纪检组查案时，通报同级党组一把手等，也与中央纪委如今的要求类似。
最新或2022（历届）年8月，三门峡市委印发意见，表示将推动大纪检组改革进一步深入。这是当年全国开展类似改革的地区中，为数不多仍在推进的一例。
如今，全国掀起“巡视反腐潮”，三门峡市纪委人士告诉廉政瞭望记者，将由纪检组承担统管部门的巡查工作，按照中央、省委巡视工作的职责、内容和方式，加强对驻在单位重要部位和关键环节的监督。