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自清朝末年，中国受西方列强侵略，国运衰弱。同时现代医学（西医）大量涌入，严重冲击了中医发展。中国出现许多人士主张医学现代化，中医学受到巨大的挑战。人们开始使用西方医学体系的思维模式加以检视，中医学陷入存与废的争论之中。同属中国医学体系的日本汉方医学、韩国的韩医学亦是如此。2003年“非典”以来，经方中医开始有复苏迹象。
在文化大革命期间，中医作为“古为今用”的医学实例得到中国共产党政策上的支持而得以发展。现代，中医在中国仍然是治疗疾病的常用手段之一。
在国际上，针灸引起医学界极大兴趣。针灸已被证实在减轻手术后疼痛、怀孕期反胃、化疗所产生的反胃和呕吐、牙痛方面是有效的且其副作用极低，然而，对慢性疼痛，背部疼痛以及头痛，数据显示出模棱两可或者争议性。WHO认为很多针灸和一些草药的有效性得到了科学双盲研究的较强支持，但是对于其它的传统疗法还需要进行进一步研究，而且不能忽视未经研究的传统疗法存在的安全性及危险性等问题。WHO在2002年5月26日发表“2002－2005年传统医药研究全球策略”，邀请全球180余国将替代医学纳入该国的医疗政策。
上世纪90年代发起的现代中医基础理论的原始创新、革命。中医新哲学观中医三个哲学观：整体观、辩证观，及新挖掘出的中医第三哲学观：相似观－分形论。
1996年，学界对中医气本质、经络实质、阴阳、五行、藏象和中医哲学观等都有了新的创造性的认识和解说。如邓宇等发现的：气是‘信息－能量－物质’的统一体；分形分维的经络解剖结构；数理阴阳；中医分形集：分形阴阳集－阴阳集的分形分维数，五行分形集－五行集的分维数；分形藏象五系统－暨心系统、肝系统、脾系统、肺系统、肾系统；中医三个哲学观－新提出的第三哲学观：相似观－分形论等。还包括近代针灸经络的发展史，近代中医气的进展简史，中西医结合史，中医中药史等。
韩医申遗
继端午祭申报成功之后，韩国又传出拟将中医改为韩医申报世界遗产，拿一本所谓韩医学圣典《东医宝鉴》做文章。而中国自2003年以来，国家中医药管理局就中医药“申遗”工作列为专项进行研究，并成立了“申遗”委员会，酝酿中医药申报世界文化遗产。双方互争高下，一时间引发多方争论。
话说韩国将一本问世400周年的韩医学圣典《东医宝鉴》作为引子，提出“中医申遗”。殊不知，《东医宝鉴》的内容多取自中医，主要参考中国医书如《素问》、《灵枢》、《伤寒论》等撰集而成，其核心是以医学“气血运行，四象分辨，五行生克”来提示医学本质，是受中国道家影响颇深的一部医典。
检索历史，日本侵占朝鲜半岛前，“韩医”的记录为零。过去，由于“汉医”、“韩医”的韩文表达方式是一致的，1962年，韩国政府废除了韩医师制度，遭反对后韩国政府才放弃该念头，韩国医院招牌上所谓“汉医院”、“韩医院”，其实就是中医。1986年4月，韩国国会通过了《医疗改正案》，才明确把“汉医学”改为“韩医学”。上世纪90年代，韩国的医生协会和药剂师协会提出改革方案，建议韩国政府实现韩医与西医结合的一元化，又遭强烈反对。
大难不死，“韩医”发福了，做韩医须6年的韩医学专业学习，通过全国统一资格考试。韩国保健福祉部还投入7.62亿美元，举办韩医学国际博览会，进行海外韩医学古文献调查研究（多来自中国的图书馆）等。