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但程维高退休后曾接受采访表示，他并不认识郭光允。按照程维高的说法，当时郭其实是要举报李山林，为了扩大影响，把他也捎上了。别人汇报到他这里时，他就说了句“那就查吧”。过了几日，下属拿来一份材料，说要劳教，他就签了字。他说，后来这件事情，办这件事情的人，却指证是由他指示。
2000年，李真窝案爆发，1990年以后到河北任职的3任南京二建的分公司经理都被抓，审查下来，并没有发现南京二建和程维高有违法的关系。换言之，当年郭光允匿名信中反映的问题并没有落到实处。后来，郭光允自己也承认，虽然告了那么多年的程维高，他并没有当面见过此人。
不断反思的晚年
“处理我是从严治党的需要”
2000年时，程维高秘书李真被“双规”，李真被媒体称为“河北第一大秘”，根据检察机关公布的数据，他受贿人民币共计676万余元、美元16万余元，侵吞公款2967万余元。是新中国以来秘书贪污之最。
随着李真案爆发，省政府办公厅原副主任吴庆五，省政府原副秘书长、省驻京办主任王福友、省委办公厅原副主任兼督察室主任杨益铭，石家庄市原市长张二辰，省建委原副主任李山林，沧州市原市委书记薄绍铨，全部案发入监。这些人的共同之处是，他们都是程维高一手提拔。程维高也进入了中纪委的视线，当时，程维高已从省委书记位置上退下，做省人大主任。
2003年1月，河北省召开十届人代会，即将卸任的他主持召开了其政治生涯中的最后一次会议，选举产生新的大会主席团。次日，程维高离开石家庄，回到常州。最终结果是在当年8月出来的，中纪委专门派人到常州宣布处分决定：开除党籍处分，撤销正省级职级待遇。
程维高回到常州住进了一栋白色的三层别墅，这是他2002年决定回常州养老后买下的。先问开发商要了一块地皮，“儿子和女婿出钱”自己盖，再给开发商，再买回来。他给这个房子取了名字，叫 “愚园”。程维高虽然被撤销正省级职级待遇，却保留了副省级待遇,出入住所坐的是一辆河北牌照的奥迪车。
晚年的程维高，在不断地反思，反思自己的为官历程，反思自己当年的言行。他曾说，“我是很霸道。但是，这一切都要放在当时的环境上来观察。这个环境让我有权力霸道，但是，现在我却没有任何机会去申诉、去说明自己的冤屈啊。”
他周围的朋友说，晚年的程维高想发出自己的声音，但是，无人倾听。无奈中，他只能在自己的名片上注明：“中华人民共和国公民程维高”，在送亲友的贺卡上写道：“一生大起大落，我无愧于人民……处理我是从严治党的需要。”
2006年9月，中共中央纪委常委、秘书长，全国政务公开领导小组副组长干以胜在国新办发布会上说，到目前为止没有发现程维高应当负刑事责任，司法机关现在也没有掌握这方面的证据，“因此给予他党纪、政纪处分”。
2007年，程维高查出了癌症，此后他一直靠吃中药维持。2010年12月28日11时16分，程维高因病医治无效，在江苏省常州市辞世，终年78岁。