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美济礁位于三角礁东南约18海里，北纬9度55分，东经115度32分，美济礁是个椭圆形的珊瑚环礁，顶部全由珊瑚构成，东西长约9公里，南北宽约5.2公里，总面积约46平方公里。 美济礁中间有泻湖，水深约25.6米。礁盘以外约1公里处，水深可达千米以上。四周礁石在退潮时露出水面6英尺。南部和西南部有三个礁门进口可以进入泻湖。大型船只可以在涨潮时通过南部最大的一个出入口进入泻湖。为一天然避风良港。据中国参加第一次科考的科考队员回忆，美济礁周围海面无风三尺浪，浪头最高时达20多米，而泻湖里的水面上仅仅有一米的浪头，已经非常平静了。西南门宽92米，长414米，水道深23.8米，水道口有点礁发育，阻碍航道。南门有点礁分布，使水道分为东西两部分，东道狭18米，水深只有1.8米；西道宽37米，长275米，水深18米以上。水道小潮时流速1.3节。环礁东北部比较浅，有水深只有1.8米的礁头分布。
目前由中华人民共和国南海渔政部门管理。南北各有一座钢筋混凝土建筑物。无地下水源，须靠船舰运补。有一个简易运输补给码头。 中国渔民常年居住在此进行远洋渔业捕捞和网箱养殖。
1994年，南海渔政部门进驻美济礁管理。1995年1月，中国第一次对美济礁进行科考，一条重达4000吨的“向阳红14”号船就通过西南门进入泻湖。当时，我国先后在美济礁4个方向共修建了13座2代高脚屋，这种高脚屋已经具备基本防守能力。从1998年下半年到1999年初的几个月里我国工人在海军护卫舰的保护下，在美济礁修建了4座钢筋混凝土结构的3层建筑，使该岛礁成为中华人民共和国的一个永久前哨。
1995年1月底一艘被我海军释放的菲渔船船长向菲政府报告：他和他的船员在美济礁被中国军队拘留了一个星期，而且，中国正在美济礁修建建筑物，中菲争端由此开始。2月2日，菲律宾军方即派一艘巡逻舰和一架侦察机到美济礁证实这位渔船船长的报告，结果发现礁上有中国的建筑物。2月8日，菲律宾总统拉莫斯就此事发表讲话，声称菲律宾政府已通过了一份措词强硬的"备忘录"，对中国军舰出现在美济礁提出抗议。他指控中国军舰"侵入"菲律宾声称拥有主权的南沙海域，并在菲律宾"所属"的美济礁建造军事设施。谴责中国的行动是"违反国际法和1992年马尼拉东盟会议有关南中国海宣言的精神与要旨"。
菲国防部出示一些中国军舰在美济礁附近的照片，其中包括一艘玉勘级两栖登陆舰和一艘大志级潜艇支援船。另外，菲还出示一些照片显示，中国在美济礁上建造了4个建筑群，每个建筑群都有钢管支撑（按我们现在的叫法就是第二代高脚屋），因为美济礁会在长潮时被海水淹没。当时，我国先后在美济礁4个方向共修建了13座2代高脚屋，这种高脚屋已经具备基本防守能力。
对于菲律宾政府的这些指控，中国外交部发言人陈健解释说，中国在美济礁上的建筑，是"为了保护在南沙海域作业的渔民的生命安全，是一种生产设施"，"中国方面从无拘留，也无逮捕任何菲律宾船只，也没有在美济礁上建立任何军事基地"。然而，菲律宾方面无视这些解释，随即做出军事反应，把所有的战斗机调到南沙群岛，在卡拉延增加驻军。并于三月底出动海军，把中国在五方礁，仙娥礁，信义礁，半月礁和仁爱礁等南沙岛礁上设立的测量标志炸毁。甚至派出海军巡逻艇，在空军飞机的支援下，突然袭击了停靠在半月礁附近的4艘中国渔船，拘留了船上62名渔民，指控他们"非法进入菲律宾专属经济区捕鱼"，"非法破坏海洋自然环境"（注：盛力军：《中菲南沙之争的危险发展》，载《明报》月刊，1995年5月号。）。5月13日，菲律宾军方蓄意将争议升级，组织了38名本国与外国记者，分别用船只和直升飞机载运到美济礁进行所谓的"采访"，企图使美济礁事件引起国际上的关注。然而，当载有这些记者的船只驶近美济礁，企图强行进入美济礁时，正在这里执法的中国南海区渔政渔港监督管理局"中国渔政34号"船接到上级命令，要将对方拦截在美济礁8海里之外，万一不行，将不惜一切代价将34号船打横、沉没于美济礁主航道中，誓死不让敌舰进入美济礁。此时，34号船全体船员只有一个念头："人在、船在、礁在、国旗在"。他们与对方配有两架武装直升机的登陆舰和配有7门大炮的护卫舰周旋了8个多小时。