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“即国家层面是国土部，地方层面没有明确规定，由地方自己决定。这可能会带来一些麻烦，因为本该是一体化的东西在我国一开始就是分散的，土地和房屋分离，大家可能已经习惯了。估计法规出台之后，光是机构协调都要花好一段时间。”中国政法大学教授符启林说。
中国人民大学公共管理学院教授、土地规划研究中心主任严金明表示，多年来由哪一部门对不动产进行统一登记一直有争议，因此条例的执行在这方面可能会面临困难，尤其是在市、县两级基层，因为统一登记机构牵涉到部门之间的管理体制问题，需要整合。
“但多年来各部门已有各自的领域、各自的标准、各自的管理，这些已形成惯例，可预见整合会面临比较大的挑战，而且各部门要完全在一个平台上说话，可能还需要一些制度上的衔接。”严金明说。
孙宪忠表示，条例的上述区别性规定是基于两点考虑，一是有些地方早已实现了统一登记，例如深圳，早就有深圳市规划和国土资源委员会(海洋局)，就不存在将登记工作统一归口到国土部门一说。另外一点考虑则是，在有些地方，不动产登记可能会以城市的建筑物为主，土地登记在少数，例如像北京，那么就由当地自主决定不动产登记归口到哪一部门比较合适。
不动产统一登记的主管部门早前一直争议很大，达成如今的方案也经历了一段波折。
据国土资源部国家地籍管理司原司长向洪宜向《瞭望东方周刊》回忆：十八届三中全会之前，为了平衡各方关系，国务院法制办、住房与城乡建设部、国土资源部原定分工是：国务院法制办负责条块协调；住房和城乡建设部负责国有土地上房屋的不动产登记，以房屋所有权为准；国土资源部负责集体土地上的不动产登记，包括耕地、林地及草地等。但十八届三中全会召开后，李克强总理最终拍板：全国不动产统一登记由国土资源部负责，各地也必须归口到一个部门。
落地难题之二：
登记簿的统一
孙宪忠透露，目前国土资源部正在起草不动产登记条例的操作细则，自己参加了几次研讨，会上讨论得比较多的是如何设置不动产登记簿的问题，目前的意见比较多，争论较大。
孙宪忠认为，条例出台之后，因为统一登记机构已有明确规定，把各部门登记这一部分的人弄在一起，合署办公，慢慢整合之后也比较好办。不过如何设置作为不动产登记立法核心的登记簿，虽然很大程度上是技术问题，但由于我国长期以来不动产法律实践的复杂性，各类不动产的法律基础并不统一，因此面临的困难也不小。
符启林认为，不动产统一登记面临的最大困难还在于农村，农村土地的种类很复杂，地方上的做法也极不统一，例如土地证有些发有些不发，宅基地各地的标准不一，这些怎么登记？各地是否自己出台细则？还有农村许多房屋没有报建，连报建手续都没有，怎么登记？这都给统一登记带来了难题。
还有受到外界关注的小产权房，在统一登记的大背景下会怎样？“合法还是不合法？能不能登记？据我所知，司法实践中已经有松动了，有些法官会判决合法。”符启林说。
按照国土资源部目前公布的时间表，还需要3年的时间来最终实现不动产登记的统一：最新或2022（历届）年基本完成各级职责整合，建立基础性制度；最新或2022（历届）年健全配套制度，平稳有序实施；最新或2022（历届）年全面形成制度体系，正常有效运行；最新或2022（历届）年实现信息共享，依法公开查询。
不过，时间表能否按时完成尚是未知数。“3年可能还是比较乐观的估计，实际上可能需要的时间会更长。”严金明说。
聚焦不动产登记条例(四)
孙宪忠：操作问题有待细则出台
“说到执行，这是很难回答的问题。因为现在条例只有30个条文，执行起来可操作性不强。所以，还是期待尽快编纂可操作实施的细则，然后条例作为指导性的规则来适用”