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麻章区政府领导意识到了问题的严重性，派出了第二支工作组协调。工作组曾拟定一份协议，延续了对旧县村民的优惠，但滤泥可不再交由村里处理，不过糖厂每年要补偿村委会15万元。彭桂发坚持要糖厂每年给20万元。
林水栖拒绝了这份协议。理由是区政府拍卖糖厂时，没有告知他关于这些历史遗留问题。
博弈仍在继续。今年2月25日，正月初八，旧县河出现死鱼。
两吨死鱼被卸在了金海糖业公司门口，来人称糖厂废水毒死了河道里的鱼。这些死鱼还被撒在糖厂办公室及员工宿舍的床上。糖厂的生产被迫停止。
麻章区海洋与渔业局局长吴坚曾到旧县查看河道死鱼情形。“河道里确有不少死鱼，但农民们堆在糖厂门前的鱼有些是海鱼，根本不是河鱼。”后来公安作出鉴定这些鱼是“人为原因死亡”，并怀疑这些死鱼是从市场上购买的。
糖厂被封门后，麻章区三万农民卖不出甘蔗。100台牛车和30台汽车将所载甘蔗倾倒在国道上，造成交通断绝。农民们还用甘蔗堵了麻章区政府、区公安局的大门。
政府感到了巨大压力。为了化解旧县村和糖厂的矛盾，恢复糖厂开榨。麻章区政府主动背起了历史旧债，和村委会签署协议，答应每年向村里补偿20万元，支持村中公益事业建设。但据麻章区政府知情人士透露，第一笔20万元拨付村里后，彭桂发一下就提走了19万元，说是为村中污染问题维权所用。
拿到钱后，彭桂发兑现了与区领导签署协议时解封糖厂大门的承诺。但是，人们发现糖厂的排污管又被用泥沙堵住了，糖厂依然无法正常开榨。
彭氏一连串的高调行为令湛江市高层无法容忍。3月7日，彭桂发在广州被省公安厅和当地警方组成的专案组抓获，同时抓获的还有他的数名马仔。第二天，彭桂发以涉嫌破坏生产经营罪被刑拘。3月23日，停榨20多天的糖厂得以开榨。
事实上金海糖厂被黑势力困扰一事通过某种渠道进入了当时正在北京召开的全国两会，引起了中央领导的高度重视。中共中央政治局常委、全国人大常委会委员长吴邦国，中共中央政治局常委、中央政法委书记罗干为此签发密函，公安部长周永康作了批示，中共中央政治局委员、广东省委书记张德江和湛江市委书记徐少华均表示对此案一查到底。
“碳仔”被抓，旧县村向何处去
失去了彭桂发的旧县村，现在由原来的村委会副主任代理主任主持日常工作。
彭桂发面皮白净，1.65米的个头，结实壮硕。他平时开一辆老款皇冠轿车，独来独往，有时则开一辆丰田巡洋舰越野车。在外面做事高调的彭，在村里却相当低调，对村民脸上总是和善地笑，态度谦虚真诚。
不过他的大部分时间在忙自己的生意，村里事务交由村委搭档们来做。他还会拿出一些钱来帮助村里生活困难的人家。村民们说他“够义气”，“不管他在外面怎样，在村里就是一个‘好’字”。但熟悉他的人说：当你跟他发生利益冲突时，“碳仔”可是翻脸不认人。
“碳仔”被抓，旧县村似乎一下子失去了方向。旧县村委会的干部说，大乱之后必须大治，但是大治之后，政府好像把这个6000人的大村忘掉了，没人理它。没有官员愿意去研究如何治理这个村庄，如何发展这个村庄，如何改变村民对政府的偏见。政府似乎对这个村庄实行了无为而治。
6月11日，金海糖厂排污设备旁挖掘机轰鸣，投资500万元的排污设备更新改造工程开工。
在旧县村民看来，排污设备更新无疑是糖厂心虚的表现。旧县村委会代理主任彭德玉说，如果糖厂没有污染，林水栖为什么还要投500万元建设污水处理设备？林水栖则明确表示，糖厂的新排污工程是响应国家节能减排号召，更好地净化环境，跟旧县村抗议污染无关。
与此同时，旧县村一些村民执著地跑到北京、广州反映情况。他们倾诉糖厂排污影响了他们的生活，而他们的村主任却因维权被抓。