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校院关系，指的是大学管理层与学院一级教学科研单位之间的组织关系。目前这个关系的现状是什么？用一句话来概括就是：是大学办学院，而非学院办大学。展开一点说，在校院关系上，学校一级处于支配的、主导的和强势的地位，学院一级处于依附的、被支配的和弱势的地位。这种关系不仅体现在学院领导班子的配备上，而且还体现在学院的专业设置、招生、人事招聘、职称晋升、课程与教学管理、科研组织、社会服务、国际交流与合作、资源配置等很多方面。
在大学内部的校院关系中，学院一级的自主权是非常小的。这一方面反映了目前高等教育法赋予大学办学自主权本身的落实不到位，很多自主权也不在大学手里；另一方面与长期以来形成的大学内部行政化的管理模式也有着直接的关系。众所周知，大学和学院处于不同的行政序列，大学一般是厅局级，少数“985大学”是副部级，实体性二级学院都是处级，与大学的职能部处在一个行政级别。大学对学院的管理基本上参照政府部门上级对下级的管理方式，各学院在教学、科研、社会服务、文化传承、国际交流与合作等领域的学科特性很少或很难被考虑，“标准化”“一刀切”“齐步走”的现象比较突出。
这种大学与学院的关系模式，极大地制约了学院改革发展的积极性、主动性与创造性，影响了整个大学的办学活力。
从实际情况来说，学科建立在学院的平台上，学院是学科建设的主体，从而也是人才培养、科学研究、社会服务、文化传承以及国际交流与合作的主体。以人才培养为例，各个学科对人才的素质要求是不一样的，适合学工的与适合学理的不同，适合学人文学科的与适合学社会科学的要求也不同。从这个角度来说，什么样的学生最具发展潜能，应当是各个学院的教授们说了算，学院在招生工作中应该具有主导性的话语权。但现在的情况不是这样，大学招生是大学的招生办说了算，是招生办统一制定招生政策、统一进行招生宣传、统一组织录取。招生结束后，招办将录取的名单交给学院，招生工作就算结束。招办在分析招生质量时，主要就是从各专业招收新生的最高分、最低分、平均分及其历史变化来看，对于各专业特殊的素质要求不做太多分析。
与人才培养领域的情况类似，其他工作领域的校院关系也差不多，大学各职能部处在工作中的行政主导非常强，不愿意或不能够深入地了解、考虑院系工作的特殊性、多样性和具体情况，导致各项工作中的专业性比较薄弱。这就导致了大学及其职能部处在人才培养、科学研究、社会服务等方面担纲主要的角色。学院层面在大学的各项改革发展中的主体地位未能得到切实的尊重与发挥，很多时候反而成了改革和发展的客体，担当执行、配合、服从、接受评价等角色。作为这样一种角色，学院在大学诸多改革中的自主权和话语权比较低，多数时候都是被当作改革的对象。在这种情形下，要想焕发出大学的活力，全面提升教学、科研、服务、文化传承及国际交流与合作方面的质量，是非常困难的。
基于上述分析，我认为要建设好一流大学、一流学科，必须借鉴国际一流大学和一流学科建设的经验，花大力气调整我国大学校院两级的关系，进一步强化学院在大学改革创新中的主体地位，牢固树立大学层面含职能部处层面的工作全心全意为学院改革和发展服务的思想，为切实实现“学院办大学”的理念创造积极条件。这是影响一流大学、一流学科建设的关键环节，也是建立和完善现代大学内部治理体系的关键环节，应当在“十三五”期间认真研究和积极探索。为切实推进这种大学内部校院关系的调整与重构，建议：
第一，重启高等教育去行政化改革，先行去除大学内部的行政级别，不再使学院在行政上从属于大学层面，重新确立学院在人才培养、科学研究、社会服务、文化传承、国际交流与合作等方面的主体地位；
第二，作为一种高校内部去行政化的替代性安排，学校职能部处管理系列岗位全面落实职级制，建立学院管理层岗位责任制，实行岗位津贴制，试点全职院长制度；
第三，切实转变学校内部管理方式，合并工作性质相同或相近的管理部门，进一步转变管理理念和方式，加大对大学部处机关管理人员的培训力度，切实提高他们工作中的专业化、国际化和信息化水平，强化和提升服务学院工作的职能；
第四，将政府已经下放给大学的自主权进一步下放给学院，防止和解决中间截留的问题，在招生、专业设置、人才聘用、职称晋升、科学研究、社会服务、国际交流与合作等领域进一步扩大学院的自主权；
第五，完善学院内部治理体系，加强党政联席会议制度、学术委员会、二级教代会、院系学生会、第三方咨询或评价等制度建设，确保已经下放的各项自主权能够规范、公正、有效和阳光地运行，切实增强学院办学活力。