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公务员聘任制是2006年我国《公务员法》确立的一项公务员管理制度。2007年，深圳和浦东首先开展公务员聘任制试点，目前在深圳4万多名公务员中，聘任制公务员占比近10%。聘任制度作为一种新的尝试和探索，是在我国公务员制度尚处于“幼年”时期进行的，不可避免地面临以下问题。
制度设计不完善、法规建设不配套。从政策层面来看，目前关于公务员聘任制的制度设计少之又少，一些地方实行的公务员聘任制多是自选动作，有关部门尚缺少统一的指导性文件，也缺少针对试点地区、试点推广时间、推广路线等有关政策和方案的具体设计。譬如，在深圳，与聘任制同步配套实施了养老保障制度改革，实行社会养老保障加职业年金制度，直接实现与企业养老保险制度的并轨。这既可以解决长期饱受诟病的养老保险双轨制问题，也可以实现公务员用人制度与社会其他职业群体用人制度的接轨，但遗憾的是很多地方在试点中并没有学习这一经验。从法规层面看，我国公务员法中关于聘任制的有关规定只是一些原则规定，较为宏观、笼统和模糊，缺少具体可操作的指导性法律规定。而且，涉及公务员管理的单项法规比较缺乏，更缺少法规的实施细则。因此，一些地方在试行的过程中因理解不同、情况不同出现较大差异。
聘任制公务员管理面临一些难题。一是严把关口难。按照我国公务员法规定，机关根据工作需要，可以对专业性较强的职位和辅助性职位实行聘任制。但对于“专业性较强的职位和辅助性职位”的界定并不十分清晰，给聘任制的公平公正实现埋下了隐患，以至于一些地方出现了“考不进来调进来，调不来聘进来”的“萝卜招聘”情况。二是严格标准难。聘任公务员有公开招聘和直接选聘两种方式。其中，公开招聘参照公务员考录程序进行，考试内容包括招聘职位所需的专业知识和工作技能等。但在实践中，专业技能考试所占的比例并不高，考试内容也难以充分体现专业性和技术性。而直接选聘存在着选人范围窄小、缺乏客观标准、易受到人为因素影响等问题。如何“严格标准，堵死后门”，让聘任方式更加科学、公正，考验着管理者的智慧。三是严格考核难。目前，我国还缺少单独针对聘任制公务员的科学的绩效考评系统和考核体系。传统的考评方式针对性不强、考评主体单一、考评内容宽泛，难以体现职位要求，也很难真正发挥考核作用。
实际操作中出现一些值得注意的倾向。一是“任期终身化”倾向。我国《公务员法》中只是规定依照合同对聘任制公务员进行管理，没有规定合同的最长期限，在一些地方聘任制试点中，对公务员最长任用期限也缺少明确规定，这就可能造成聘任制公务员只进不出，从而形成事实上的“终身化”现象。二是“身份模糊化倾向”。公务员是代表政府行使公共权力进行公共管理的人员，扮演着“公共人”角色。但在聘任制制度设计下，公务员又不可避免地以“经济人”角色出现在公共服务领域。这就造成聘任制公务员在身份定位上具有双重性和模糊性，如何科学合理设定职务序列和工资等级等问题还有待解决。如何既保障公平、又能吸引更多优秀人才有序进入公务员队伍确实是实际操作中的难题。