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个人缴费及企业缴费中按一定比例划入的部分，构成个人账户。员工参加基本医疗保险后，社会保险基金管理中心为每一位员工在北京市商业银行建立一个专为基本医疗保险服务的活期存款专用账户，该账户资金用于员工支付医疗费用，并由社会保险基金管理中心按月拨付(如发生企业欠费，欠费期间将不拨付)，使用方法同一般存折，但只能用于取钱。
个人账户资金(详见下表)
| 员工年龄 | 单位缴纳部分划转 | 个人缴纳部分 | 合计 | 基数 | |
| 在职职工 | 不满35周岁 | 0.8% | 2% | 2.8% | 个人缴费基数 |
| 35周岁至45周岁 | 1% | 2% | 3% | ||
| 45周岁以上 | 2% | 2% | 4% |
职工个人缴纳的基本医疗保险费全部计入本人的个人帐户，再从单位缴纳的基本医疗保险费中拿出30%，按照职工不同年龄划分档次注入个人帐户。具体比例为：
35周岁以下的按本人缴费工资基数的0.8%划入;
35周岁至45周岁的按本人缴费工资基数的1%划入;
45周岁至退休的按本人缴费工资基数的2%划入;
70岁以上退休人员个人账户按每人每月110元划入，70岁以下退休人员个人账户按每人每月100元划入。
个人帐户的资金为个人所有，每位职工将有一个医疗存折，个人帐户的钱贮存在里面，可以用来看病，可以结转使用和继承，其存储额每年参考银行同期居民活期存款利率计息。
个人帐户用于支付门、急诊医疗费用;到定点药店购药费用;使用统筹基金时需由个人负担的医疗费用。
基本医疗保险个人帐户个人账户可以支付门、急诊医疗费用;到定点药店购药的费用;基本医疗保险统筹基金起付标准金(含)以下的医疗费用，起付标准金以上最高支付限额以下按比例应由个人负担的医疗费用;个人账户超支部分由本人自理。
基本医疗保险个人帐户的资金存储额按照当时银行活期存款利率计息，但不需要缴纳利息税。
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