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中国科学院水生生物研究所研究员陈宇顺向《中国科学报》记者解释，水上公路必然会干扰水体生物群落结构和生态系统健康。在修建过程中，有毒的废弃建材会进入水体；建造桥墩时，灌注桩里的泥浆要随河水排走；而道路开通后，用于道路维护的废弃材料、交通运输产生的各种垃圾也更容易进入河流。
陈宇顺称，由于这条水上公路建在三峡库区，与长江上游类似的其他涉水工程相比，该工程对长江珍稀濒危鱼类和其他水生动物产生的影响相对较小。但不排除该工程会损害到长江流域常见的鲢鱼、鳙鱼等经济鱼类以及一些水生底栖动物。
为此，陈宇顺对修建水上公路提出了几点建议：“首先，应当请专业的学科团队对该区域的水生生态系统进行长期跟踪调查，确保修建前、修建期间和修建后都有监测数据；其次，要实时监控垃圾丢弃行为，采取比陆地公路系统更完善的废弃材料收集和处理机制。”
曾亚武认为，对兴山这样一个旅游县而言，昭君故里和香溪河是它的闪亮名片。过去人们来到这里，是被秀丽的自然风光所吸引。现在河上有了这样一道人工景观，在景区宣传上固然是一个亮点，但从长远来看，这条水上公路究竟是为景色添彩了，还是“添堵”了，并不好说。
突破战备建设瓶颈
兴山县地处三峡库区，是“和平使者”王昭君的故乡。一直以来，兴山县的发展受困于交通。此前，从县城所在地古夫镇出城前往昭君镇，312省道是必经之路。沿途路段的地质环境不好，10多公里路途易发生滑坡路段就有5处，公路沿线坡度多数在45度以上。一旦发生滑坡，兴山县城将与外界完全中断。
最新或2022（历届）年4月1日，兴山县人武部组织120名民兵应急分队拉动演练，因312省道两辆货车事故把这条路完全堵死，整个队伍被堵在半路动弹不得，致使到达预定地点的时间延误了2小时之久。
这次演练的教训让兴山县人武部部长宋昌旭心里久久不能平静。在议军会上，他大胆提出建议：“县城不能只有一条出城的道路，这不符合遂行抢险救援任务的要求，而且交通不便对县域经济发展也不利。”县委领导纷纷点头，对打通县城出口道路的提议表示赞许。“必须要修，不修路就无路可走！”县委书记谭业明的一席话掷地有声，打破县城交通瓶颈势在必行。
全程贯彻军事需求
议军会后，该县迅速成立联合工作组展开调查论证。该县国动委综合办公室主任罗民昌介绍，联合工作组拿出了隧道建设、炸山修路和架桥三种方案。前两种方案，都需要经过古夫镇境内总面积约6万平方米的杜家岩山，为避免破坏山林植被，综合考虑军事需求，最终选择了架桥方案。
国防战备公路对抗震、抗打击、防空袭、防地质灾害等方面都有特殊要求。在方案规划阶段，交通战备部门认真贯彻军事需求，提出公路要尽量取直，以便于大型运输车快速通过。在工程施工阶段，军地领导多次到现场办公，研究解决如何全面贯彻军事需求和国防要求，进一步明确水泥标号、钢筋粗细、地桩深度等施工当中的一些具体问题。在收尾验收阶段，交通战备部门联合军地相关部门，要求对全线桥梁防撞墙进行加固，建成加强型混凝土护栏，以保证行车安全。