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人畜分居是国家推广新农村建设的重要内容之一。那么，为什么要推广人畜分居呢?解决人畜混居现象刻不容缓，人畜混居危害大！
原来，这其中是有着很深科学道理的。
研究表明，人和动物有共同的生物学属性，都可以被同一种微生物感染致病，医学上把人与动物都能患的一类病称为人畜共患病。如猪链球菌病，是一种较为罕见的人畜共患病，人们迄今还不清楚它是如何从猪传播到人的。早在1968年，丹麦首次报道了人体感染猪链球菌导致脑膜炎的病例。在我国四川暴发该病之前，全球已有200余例猪链球菌感染病例报告。
人畜共患病还有很多，比如鼠疫、黄热病、禽流感、布氏杆菌病、口蹄疫、疯牛病、乙脑、森林脑炎、结核病、血吸虫、狂犬病、艾滋病等。其中数十种曾引起大规模或严重的传播，如鼠疫、黄热病、狂犬病、结核病、口蹄疫、疯牛病等等。
为什么人与牲畜会患同一疾病，除了生物医学的致病因子感染是同一性的解释外，也可用社会的理论加以解释。早在古代，人与动物共患病的现象就引起了人们的高度关注。19世纪社会医学创始人鲁道夫·魏尔啸可能是最早明确解释人畜共患病概念的人。到了20世纪80年代，美国流行病学家卡尔文·施瓦布一语道破箴言——世界只有一种医学(The one medicine)。其意义不仅指人与人可以患一种相同的病，而且人类与动物之间也会患同一种疾病，因为这个世界不只是人类的，也是其他生物的，人与动物、植物、微生物是在共享同一个星球和同一个环境。所以，人类不仅要注意自身的疾病，而且要关注动物的健康和疾病，因为动物也常常会把疾病传染给人类。
人畜共患病可通过人与患病动物的直接接触，也可经由动物媒介或被污染的空气、水和食品传播。因此人畜共患病的发生与扩大是与人类生存和发展的历史相一致的。人畜共患病是伴随家畜和家禽的饲养，特别是现代工业化养殖而大量产生的。人与家畜、家禽的亲密接触自然为致病微生物从动物向人传播搭上了一道最好的桥梁。比如，天花是由牛传染的，流感是从猪开始的（猪身上的病毒变异而导致人患流感）。另一方面，人类发展经济，不断满足自身需求的活动也扩大了人与动物亲密接触的途径。比如，猎杀野生动物和食用野味，使得人与动物的接触越来越多，病原微生物不可避免地会从动物传播到人。同样，捕获动物并利用其皮毛等也是人畜共患病发生的重要途径。
明白了人畜共患病的道理，也就知道了国家鼓励人畜分居的意义。我国目前大部分农村的饲养方式仍是人畜(禽)混居、畜禽混养。我国散养户饲养畜禽多采用房前屋后的空闲地进行庭院饲养，饲养方式基本上是圈舍民居相连，人畜混居，生产区和生活区不分，没有任何屏障。规模饲养大户尽管饲养数量不少，但大多条件简陋，不离村屯，人畜接触密切。与人畜混居相比，畜禽混养显得更为普遍，猪禽混养、鸡与水禽混养在南方农村比比皆是，有的家庭甚至出现六畜共处一室的局面。如在壮族地区，部分地区居民住“干栏”（又称“麻栏”），分上下两层，楼上住人，楼下养牲畜和堆放杂物。
因此，要转变饲养方式。改“人畜（禽）混居、畜禽混养”方式为“人畜禽分开、单畜(禽)种养殖”方式，实施“鸡鸭归笼、人畜（禽）分居”工程，对规模养禽场增设防鸟设施，防止交叉感染；改分散饲养为适度规模养殖。有条件的地方，可率先建设标准化规模养殖场（户）；改不分年龄、用途饲养的方式为分阶段养殖和全进全出的方式。规模养殖场要做到以场为单位，养殖小区要做到以小区为单位实行自繁自养，各种不同年龄阶段的畜(禽)要分舍饲养，确保以舍为单位全进全出。待条件成熟后，应逐步发展按不同年龄和用途畜禽分场饲养、以场为单位全进全出的现代化养殖模式。