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两相对比，诚如冯玉祥派驻武汉的代表熊斌所说：“我们向南京要什么有什么，可是向武汉要什么没什么。”在此情况下，冯玉祥明确表态：“谁的力量大，我们就和谁合作……南京有这个力量，武汉绝无这个力量”。也正是以此为背景，蒋介石提出要冯在军队及其管辖范围内清除共产党，冯慨然应允。
与蒋介石的赶尽杀绝有所不同，冯玉祥的“清党”手段较为温和
徐州会议后，冯玉祥开始在他控制的陕、甘、豫等省进行“清党”，与蒋介石的赶尽杀绝有所不同，冯玉祥的“清党”手段较为温和。
（1）政策上，严禁中共活动。1927年6月28日，冯玉祥电令豫、陕、甘三省：“共产党跨党领袖，一律解除职务，开除党籍，遇必要时，得以严重监视”；“不准以共产党名义话动，亦不准假借国民党名义作共产党工作，违者按反革命条例治罪。”“共党须脱离共党党籍，再入本党，并宣誓不再作共党工作为准，其活动并须随时监视，以后如发觉有反本党之企图、言论、行为时，即按军法办理。”
（2）措施上，对共产党员很照顾。1927年7月7日，冯玉祥明确指示：“对于共产党之办法，第一是要注明何时入党，何人做保，愿意走者，发给川资，其不愿走而愿加入国民革命战线者，必须宣言脱离共党，听国民党之指导，守国民党之规则，然后始收容之。”8月11日，冯玉祥特别交代：“对此项党人，只准拘留禁闭，不准枪杀打罚”。也就是说，冯玉祥是在想方设法“和平地”将共产党员送走，这样既能让蒋介石满意，又不得罪中共。冯玉祥是怎么将共产党员送走的呢？据李世军回忆说：“冯将他军队中的共产党员约二百余人，和他管辖地区内的地方党员干部40人，都调到郑州，先请他们吃饭，然后冯讲话说：‘你们到我这里帮了忙，你们要反蒋，我是不能干的，我要和蒋介石合作反张作霖。在我的军队里穿二尺半的不能反蒋，你们要反蒋，愿意到哪里去就去哪里吧。’据军需人员告诉我，冯玉祥送给刘伯坚1000元，科长以上的每人100元，其余每人50元，用一个闷子车皮把这240余人，一下于拉到武胜关，让他们下车。后来，这些人大多去武汉，少部分到西北去了。”邓小平在1982年接见冯玉祥的亲属时还专门提到了此事：“焕章先生一直是比较好的，1927年蒋介石清党的时候，别人都在杀共产党，他对我们的态度还是比较温和的，礼送出境。”
然而，随着之后中共武装起义相继爆发，对冯玉祥控制豫、甘、陕三省形成了一定的威胁，因此冯玉祥所部也开始逮捕共产党员。据统计，三省因参加革命被逮捕的人数分别为723人、423人和50人，而被屠杀者分别为450人、65人和200人。到了1928年2月2日，面对越来越复杂的局势，冯玉祥终于下令，对于共产党员，“凡讯明有据者，押送前来，定实行枪决。”至此，在中共看来，冯玉祥已经完全“背叛”，这次背叛尽管并没有留下你死我活的仇恨，但自此双方也就再也没有了坦诚相待的信任，剩下的仅仅是纯粹的利益关系。
1933年察哈尔抗战，冯玉祥与中共再生嫌隙
1933年冯玉祥联合北方特科发起察哈尔抗战，以图东山再起。
1930年中原大战后，冯军土崩瓦解，冯玉祥失去对军队的控制。虽然还有不少旧部掌握军队，但都各自为政。丧失军队和地盘的冯玉祥迫切想东山再起，为此，他四处联络反蒋力量。而尽快与中共恢复关系是其东山再起的重要一环。冯之所以非常看重与中共的合作主要有两个原因：（1）此时中共力量已经走出“大革命”失败的阴影，各处军事力量蜂起，冯看到“十六年之几百个共产党员，不数年间竟增至数十百万，占地近十省”，确实不免“羡慕”和“眼热”，迫切想向中共取取经，想在其帮助下东山再起，重新获得武装和地盘。（2）冯玉祥更渴望利用中共重新与苏联建立合作关系，以便获得苏联的援助。据《李达传记》记载：“1933年1月，李达接受北平地下党组织委托，到张家口给冯玉祥讲学。有一天饭后，冯故意将自己的日记本丢在李达的房间里。李达翻开一看，其中有好几个地方写有冯要联合苏联的想法，可惜没人介绍，他想通过中共给他介绍联合苏联。”