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甲午战争时，绥军和巩军由淮军将领戴宗骞统领，戴宗骞首先是不顾丁汝昌的反对，执意组成机动队，对数万登陆日军进行突击，结果却像飞蛾扑火，无济于事。其次是关于炮台的位置和守军人数的安排，戴宗骞和丁汝昌也意见不同，刘含芳对此评价二人关系：“彼此均有意见，遇事多不面商”。最后则是关于龙庙嘴炮台，日军连续猛攻，炮台岌岌可危，丁汝昌要求炸毁炮台，以避免日军占领炮台，攻击港湾的北洋水师，但是戴宗骞执意反对。结果在日军的猛攻下，守卫炮台的山东巩军全部战死，日军占领了炮台，随即用大炮猛轰北洋水师的军舰。
随着陆军最后的堡垒：南帮炮台和北帮炮台均被日军占领，守卫炮台的绥军全部战死。戴宗骞已成了无兵之将领，戴宗骞哀叹：“守台，吾职也。兵败地失，走将焉往？吾唯有一死以报效朝廷而！”这次丁汝昌没有和他争执，安排几个水兵将其架走，一同撤入刘公岛。当晚，戴宗骞自尽。[29] 至此，协同北洋水师作战的陆军，全军覆没。
战略
清朝身居文武要职的人，不知道如何使用花费无数白银建成的舰队。北洋海军成军后，清廷便以为“自守有余”，停止了继续外购战舰的海军经费。
在整个战争期间，北洋水师没有明确和日本联合舰队以舰队决战夺取制海权的战略，未制定出战略计划，日本海军则制定了明确的作战预案，是以夺取制海权为中心的海军制胜的方案。从而使联合舰队掌握了战争的主动权，导致北洋水师战略上陷于被动。
技术
在黄海大东沟海战中，北洋海军缺乏带反后座装置的速射炮，是一个致命的技术缺陷。据统计：150毫米口径速射炮每分钟可5发至6发，而同口径之刚性炮架的后装炮每分钟才1发。而日本联合舰队却拥有大量速射炮，达150多门，日本舰队充分发挥了速射炮的威力。据统计，日本舰队的速射炮“所发炮弹相当于清舰队同一口径火炮3-6倍”。美籍洋员马吉芬认为：“改良速射炮，以及能大量装填火药的榴弹效力显著”。
北洋海军另一个技术缺陷是缺乏与日本联合舰队抗衡的快速巡洋舰。航速太慢对北洋海军的影响，交战开始时表现为队形转向不利，难以协同作战。
由于战前两年清财政困难，停止进口枪炮舰船，北洋水师弹药储备严重不足。还有弹药不足、炮弹击中敌舰而不爆炸、所用炮弹“不合式”的情况。
定远舰枪炮大副沈寿堃说：大东沟之战，“非兵士不出力，乃将领勇怯之不同也。勇者过勇，不待号令而争先，怯者过怯，不守号令而退后。此阵之所以不齐，队之所以不振也。”来远舰帮带大副张哲濚指出：“海军经仗之后，无论胜败，其各船中奋勇者有之，退缩者有之，使能分别赏罚，庶足以鼓人心。我军仗后，从无查察。其畏葸避匿者，自幸未尝冒险，其冲锋救火奋勇放炮者，尚悔不学彼等之黠能。受伤虽住医院，而扶持之役，资派本船水手；阵亡者，衣衾棺椁出己之薪俸口粮。领恤赏之时，亦有幸与不幸。土卒一念及此，安得死敌之甘心?谁无父母妻子，使能给养其家，何有求生之念?”
训练
水师教习英国教官琅威里是一名优秀的海军教习。在英国担任过海军中校的他，不仅对于海军有着丰富的了解，而且对他的这一份中国的职业（官拜副将之职）异常重视。在平日里面的教习和训练里面，琅威里对北洋水师的官兵要求极为严格，教习一丝不苟。据史书载，他“终日料理船事，刻不自暇自逸”，甚至在如厕时“犹命打旗语传令”。由于他严苛的治军态度，以至于在北洋水师当中，竟然流传有“不怕丁军门，就怕琅副将”的话语。而在他严格的治军与训练下，北洋水师在训练上刻苦付出的同时，也保有了真正强大的战斗力。