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林毅夫回大陆的原因
林毅夫渡海一个月后，仍在台湾的妻子陈云英与父亲林火树收到林毅夫写给在日本东京的表哥李建兴转来的家书，阐明了林毅夫选择投奔大陆的心声：“台湾的未来，正在处于十字路口，长期维持那种妾身未明的身份，对台湾一千七百万同胞来说，并非终久之计。”、“台湾不该独立，更不应该再次沦为次殖民地。那么台湾到底应该往何处去，这个问题长久以来，一直是我心中思索的主题。基于对文化、历史、政治、经济和军事的认识，我觉得回归祖国是历史的必然，也是最佳的选择方案。做为一个台湾人，我深爱这块生我、养我的地方，我愿意为它的繁荣幸福奉献一生的精力，但是做为一个中国人，我觉得台湾除了是台湾人的台湾之外，台湾还应该能对中国的历史发挥更大的贡献。长期的分裂，对大陆不利，对台湾不利，对整个中国的历史更不利。因此如何在不损害台湾人民利益的前提下，促使中国早日再度统一，是我辈有志青年无以旁贷的责任。”、“我深深地相信，中华民族是有希望的，有前途的，而做为一个中国人，是值得骄傲的，是可以抬头挺胸昂立于世界之上的。”
在信中，林毅夫亦提到他对国民党栽培的看法：“在台湾我虽也曾是被吹捧的对象，可是国民党对我只是利用，而不是真正的培养；现在这边则是真正重视我，培养我。目前我的生活除了偶感单调寂寞外，一切都令人非常满意。”
多年后，林毅夫回忆这段经历时说：“我回顾了鸦片战争后中国的历史，一直在思考如何尽快使中国变得富强起来。上世纪七十年代末，尼克森访华、中日邦交正常化和中美建交之后，我越来越意识到中国富强的希望在大陆这边。作为一名中国人，要为祖国作出贡献，必须去大陆。
今年正逢前金门马山连连长林正义借助工具游泳到祖国大陆30周年;而昔日的林正义，就是现任世界银行首席经济师兼主管发展经济学的资深副行长林毅夫。他是第一位在政府间国际组织担任高管的台湾同胞，因而是包括2300万台湾人在内的全体中国人的骄傲。
林毅夫投奔大陆后，台湾当局为避免影响前线士气，只是以“失踪”处理，并没有追究林毅夫的法律责任。2002年5月9日，林毅夫父亲过世，“陆委会”基于“人道精神”考虑同意林毅夫入境，“内政部”亦将核发入境许可。不过，许多泛绿人士不认同林毅夫的“大中华”民族情结;在蓝绿两面夹击及媒体的推波助澜下，“国防部长”汤曜明声称，林毅夫仍被视为叛逃军官，一旦返台将面临军法调查与审判
台湾对林毅夫的评价
由于在台军服役期间横渡台湾海峡投奔大陆，现任世界银行副行长的林毅夫遭到台当局通缉，一直无法返台。近日，林毅夫何时能登岛的问题再度被提出来时，台湾方面的答复仍是“遥遥无期”。台“国防部”声称，林毅夫的“投敌罪行”仍在继续，因此不存在追诉期届满的问题，“按法令可以判死刑”。
称其“投敌罪行”在继续
4月18日，台“国防部”官员到“立法院”接受质询。国民党籍“立委”刘盛良当场提及林毅夫有意返台，并询问其“叛逃”罪名的追诉期是否已届满。对此，台空军“常务次长”林于豹回答说：“林毅夫的‘叛逃’、‘投敌’罪行还在继续，因此没有追诉期届满的问题，按法令可以判死刑。”林于豹还补充说，如今两岸关系虽然和缓，但大陆仍是台湾地区安全的最大威胁，“林毅夫的行为无法见容于台军核心价值”。
对于军方在林案上的态度，岛内一直不乏批评之声。2009年5月1日，前台北地方法院院长胡致中写了一封信给国民党“立委”张显耀，批评台“国防部”在2002年对林毅夫发布通缉令是违法行为。胡致中认为，林毅夫投奔大陆发生在1979年5月16日，依据20年的追诉期，应该到1999年5月16日即停止追诉。也就是说，在1999年5月16日之后，台当局已经没有权利再追诉林毅夫的“犯罪行为”。
台湾海基会前秘书长、知名律师陈长文随后也投书媒体，声援胡致中的论述。台湾军方曾辩解，林毅夫始终在大陆担任公职，“投敌罪行仍在持续”，因此在2002年发布通缉令并无不妥。陈长文反驳说：“若几位在1949年国共战争中投降‘匪军’的年轻小兵，今天顶着花白的头来台湾旅游。这些人是否也该抓起来以‘投敌罪’论处？因为这些八九十岁老人投敌的‘犯罪行为’仍在‘继续之状态’。”