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易有健康缺陷
专家指出，虽然代孕是对不孕不育夫妇的一种补救方式，但事实也证明，不少代孕所诞下的试管婴儿出生后容易存在缺陷。
首先，从受精孕育方面来说，代孕所需要的人工受精使精子失去了优胜劣汰的竞争机会，可能将缺失的Y染色体遗传下去。而为了保证人工受精的成功率，所采取的多胎妊娠，进一步加大了受精胚胎的残缺率、早产发生率等。
其次，代孕母亲的健康状况，直接影响到孩子将来以及与孩子相关联的一个家庭的未来。例如，一些家族性隐性的遗传疾病可能并不在母亲身上表现出来，却有可能在孩子身上表现出来，这可能会直接影响孩子的健康。还有一些疾病具有潜伏期，随时会影响孩子的健康。
再次，由于代孕行为都是暗地里进行的，代孕者大都被限制在一个很小的范围里活动，再加上代孕母亲的心理紧张，因此不利于胎儿正常健康成长。而分娩前，代孕母亲焦急紧张的情绪也会严重影响代孕母亲的身心健康和胎儿的良好发育。代孕母亲紧张的同时，也会造成胎儿心理的紧张，致使母子无法很好地相互配合，造成分娩的障碍。
到医院和医务人员，很难保证不泄密。一旦泄密了，对孩子的成长会产生不利影响，也会影响家庭应有的幸福关系。
伦理危机
除了“代孕子”的身体状况整体较低外，代孕现象还产生了许多社会和伦理问题，因而许多国家提出了有关的法案，禁止这种行为。
中国大陆法律就对代孕持禁止态度。卫生部早在2001年发布的《人类辅助生殖技术管理办法》规定“医疗机构和医务人员不得实施任何形式的代孕技术。”此后又在有关辅助生殖和精子库管理的规范性文件中反复重申，禁止代孕。对于开展人类辅助生殖技术的医疗机构实施代孕技术的，可以处以罚款，追究行政责任。因此，代孕行为，严格说来是违法的，因代孕所签订的合同是无效的。
虽然说代孕违法，代孕合同无效，但每个生命都是平等的，代孕所生的宝宝理应拥有一个自然人所享有的一切权利。不过，一旦发生纠纷，如何认定“代孕子”的血缘关系，则是相当复杂的。
由于代孕是由委托丈夫提供精子，谁是父亲在这里并不成为问题。但是，提供卵子者、提供子宫者和合法的委托妻子不一定完全一致，这就需要法律来判断谁是孩子法律上的母亲。若卵子由合法妻子提供，由于孩子具备夫妻双方的基因，因此可以认为是婚生子女。而那些不具有合法妻子基因的孩子，由于只具有委托丈夫的基因，因而在法律上属于“非婚生子女”。
具体而言：如果孩子不具有合法的委托妻子的基因，其出生后由委托夫妻直接抚养，就形成了事实上的抚养关系。而这种关系的成立，并不当然隔断“代孕子”和孕母、以及卵子提供者之间的关系，也就是说她们和“代孕子”之间依然具有亲子关系，根据法律规定，就算她们本人不直接抚养非婚生子女，也应当负担子女的生活费和教育费，直至子女能独立生活为止。
而在这种情况下，对“代孕子”的生活来说，最大的风险就是父母离异，撕破脸皮，把一切摊开，从而给“代孕子”带来无与伦比的心理创伤。
代孕妈妈的危险