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为查清确切事实，中国疾控中心派人专程赴美国塔夫茨大学和NIH调查了解情况。根据两个单位提供的实验有关文件和样品，进一步证实了上述情况。根据塔夫茨大学有关规定，单一试验项目的伦理审查应每年重审，项目内容如有变化应重新进行审查。汤光文于2008年在伦理审查重审未完成前，即在衡南县开始了试验。美国塔夫茨大学也正在对试验涉及违反伦理道德的问题开展调查。
调查发现，2008年7月，在有关部门获知美国塔夫茨大学在我国开展“黄金大米”试验的信息，对该项目主要研究人员进行询问调查时，当事人隐瞒事实，谎称研究工作还没有进行，但实际上现场工作当时已经结束。在本次调查中，荫士安、王茵等隐瞒主要实情，提供虚假信息，严重干扰、妨碍了调查工作。
根据调查情况认定：项目所用“黄金大米”从境外带入时未经申报批准，违反了国务院农业转基因生物安全管理有关规定。项目在伦理审批和知情同意告知过程中，刻意隐瞒了试验中使用的是转基因大米，没有向学生家长提供完整的知情同意书，违反了卫生部《涉及人的生物医学研究伦理审查办法（试行）》规定以及科研伦理原则，存在学术不端行为。项目主要当事人在接受有关部门调查项目实施情况时，隐瞒事实并提供虚假信息，严重违反科研诚信。
中国农科院种业专家佟屏亚表示，虽然农业部官员多次重申，“从未批准任何一种转基因粮食种子进口，在国内也没有准许任何转基因粮食作物种植”，但是，目前中国转基因水稻市场流通的情势已经十分严重：转基因水稻种子的销售渠道已经遍布南方十多个省，并已形成规模种植。
而导致出现这种混乱局面的原因，一方面是由于部分转基因专家急功近利，另一方面是由于农业部门监管不力。
佟屏亚等专家呼吁，对于转基因违规单位和个人，农业部等应对违规单位和主要负责人公开通报批评，对转基因主粮违规进入市场的单位或个人，视情节轻重，给予相应处分或停止执行国家科研项目；薛达元则强调，要做好农业、卫生和环保三部门的分工，避免对转基因管理的交叉或真空现象发生。