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2.空军活动：这种情况涉及国防机密，往往来得突然，一句话，管制，相关民航的飞行都要受影响，或在地面等待，在空中的或返航或就近降落其他机场等待，遇到这种情况，只能等待，没有理由，没有预计时间，一切都是最高机密。以厦门为例，这种情况造成的航班延误占的比例还不小，尤其在东南沿海军演、海峡两岸关系紧张时，遇到较多。一般而言，空军活动会选择天气良好的白天进行，一般情况主要管制厦门飞经汕头方向的出港航班，也就是厦门飞往东南亚的国际航班，飞往港澳的地区航班、飞往广州、深圳、海口、昆明等区域的航班均受影响，严重时，这些方向来的航班也将受影响，或就近备降，或返航。管制时间少则半小时，多则3、4小时，一解除管制，空域往往又大量塞机，继续出现延误，管制一次，可以打乱当天几乎相关机场所有的航班运行，令民航无所适从。
机械故障
旅客临上飞机或上了飞机后飞机出现故障不得不下飞机等待，有时候飞机起飞后才被告知飞机出现故障不得不返航或就近降落，碰到这些情况，旅客除了要忍受航班延误带来的不便，心里还会犯嘀咕，对安全担心，这些都是可以理解的。旅客关心的是故障修复到底要多长时间，再次上飞机更关心的是飞机故障彻底排除了吗？这里简要介绍飞机的日常维护和故障后维修的一般程序。首先请旅客要放心的是，飞机的安全系数是在不断提高的，飞机越来越先进，在飞机的所有重要特性方面都具有层层余度和多重备份系统，飞机都有详细的定期维护计划，每隔一段时间都要对相应的系统、设备进行彻底检查、更换部件，即使该系统、设备工作一切正常，根据长期以来形成的维修经验，绝大部分的故障隐患都会在这些例行检查中得到及时处理，但再完善仔细的例行维护也无法保证飞机设备不会突然出现故障，这往往不是正常的例行检查就可以避免的，机务维修人员、机组人员和先进的机载计算机也会随时监视着飞机的任何情况，凡对飞行安全构成威胁的问题都将在继续飞行之前解决。当然，为了确保安全，彻底排除故障隐患势必造成一定程度的延误，这也是值得，毕竟，安全才是最重要的。
飞机一旦在执行航班任务期间出现故障，机务人员按照维护程序要进行必要的检查，加以判断，对故障现象进行分析，找到故障源头，然后再进行相应的排除故障工作，比如换掉故障件等等，排除完故障后，还需填写相关维修记录，还可能要进行一定的测试工作，以确定是否修复好。整个排除故障的过程是需要一定时间的，即使是一些小故障，也要有严格的一套维修检测程序要做，这些都是为了确保飞行安全。
一般来说，如果飞机故障地为该航空公司基地，处理故障时间较快，即使是大故障一时难以修复，由于在基地，也比较容易调配，延误时间会较短。
如果飞机故障地为外站，当地可能缺少必要的检修设备、零件和维修人员，这种情况造成延误所需时间确实很难讲，这与故障具体情况、当地机务维修能力有关，如果是大故障一时难以排除，即使另派飞机来也需要较长时间。
旅客原因
造成航班延误的原因多种多样，有的属于不可抗拒的自然因素。值得重视的是，一些人为因素已成为造成航班延误的“新的增长点”。据统计，因旅客原因导致的航班延误占不正常航班的3%，和因飞机故障造成的延误数量相差无几。常见的情形有：
旅客晚到，在航班办理登机手续截止时间之后才赶到。为了方便旅客，机场、航空公司会尽量帮助这些晚到旅客顺利赶上该航班，但这也势必造成该航班的延误，这些优质服务在某方面也助长了部分旅客习惯性晚到。
提醒旅客注意的是，为了不影响整个航班运行计划，尤其是狠抓正点率，这些晚到旅客更多接受的是误机被迫改搭后续航班的结果。