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“小政府”模式以“不扰民、少作为”为准则，管理成本虽低，但与之伴随的则为低效率，由于其不足以抵御外来的侵略，由此也带来了国内民众的极大不满并进而导致其合法性的丧失。为实现“富国强兵、器物转换”的目标，清廷不得不痛下决心，更弦改辙，其在编练新军、教育改革、警政改革、司法改革、官制改革、实业促进、地方自治乃至宪政改革等问题上分头并进，其规模之大，其速度之快，在令人感到惊佩的同时，也不免有些担忧。
事实上，清末十年中的各项举措已经远远超过了整个社会所能承载的压力，由此引发的财政问题更是致命的。毋庸讳言，各项新政的铺开均以财政为支撑，没有钱就不能办事，要办事就得花钱。由此，“永不加赋”的朝训被一破再破，各项加征摊派有增无减，羊毛出在羊身上，其落脚点无一不在百姓身上设法。清末新政的困境就在于，要想在列强的虎视下“存国存种”乃至尽洗前辱，就必须改革变政，但多一项新政举措，就多一项庞大的经费支出，而财政的增收远远跟不上支出的急剧膨胀，就算没有武昌起义，“赤字财政”的维系也是难以为继。
以新政第一要务的新军编练为例，仅北洋六镇每年的维持费用就高达900万两，如建成36镇常备军的话，其每年的维持费用至少在5000万两上下。在1911年的国家财政预算中，陆军部提出的总预算超过1亿两，在资政院的大力削减下，其预算额7800万两也已经接近全国总预算(26000万两)的三分之一。更值得警觉的是，清廷为完成全国36镇的新军编练计划，其在耗费巨资的同时也在用人上不择流品，以至于大量倾向于革命的年轻军官进入新军并担任各项军职，这也为清朝的覆亡平添了极其微妙的不确定因素。
再以司法改革为例，中国的传统社会是以各地行政长官(如州县官)兼理司法，如果要推行司法独立、政审分开，势必要在各级官衙外另设审判机构，全国各州县也将因此新增三四千万两的支出，经费何出势必成为一个头痛的问题(这项工作到民国后也未能完成)。
在“小政府”的模式，朝廷对地方官的考核无外乎“钱粮与刑名”，只要地方上按时解送国家税收、地方上安靖无事，官员即算合格。1901年推行新政以后，各级地方官升迁优劣的主要考核指标不再限于“钱粮、刑名”，各项新政事业如警政、学堂、地方自治等更加为朝廷(或上司)所看重，而且大都设有时间表。在经费与人才匮乏的双重煎熬下，各级地方官大多疲于应付，其中形象工程在所难免，贪污腐败也多有发生。更可叹的是，这些来之不易的民脂民膏未必取得了真正的实际效果。
清史总撰缪荃孙曾说：“国家因兵败而图强，因图强而变政，因变政而召乱，因召乱而亡国。”清末新政与立宪是一场迟到的变革，历史经验表明，在近代化进程中，起步越晚困难越大，情况也就越复杂，任何超出了自身基础的操切之举，都将会走向良好愿望的反面。
2、利益分配机制错位，一方利益受损且缺乏对话机制
清末新政的进程中有一对明显的矛盾，一方面是朝廷官员及部分开明的士绅警告民众“不变则亡”，其试图通过各项新政举措来挽救国运，另一方面则是下层民众因自身利益受损而极力反对新政。不可否认，任何一项改革(且不论其是好是坏)，都会引起利益的重新分配并带来各种矛盾冲突，如果改革者设计精当，操作合理，这对各方都将提供一个利大于弊的发展机会；反之，利益受损的一方将阻扰并反抗新的变革举措，不满的情绪在一定时间的累积后，其势必对整个改革造成严重的危机。
改革初始阶段，社会所能提供的物质条件不能满足每一方的需求，这原本在情理当中，但由此带来的利益分配机制过度扭曲的话，即便改革者所描绘的前景再美好，也无法赢得多数民众的理解与支持。任何时候，只要民众意识到改革的成本主要由自己来承担，如朝廷财税收入的过快增长、滥印铜元带来的通货膨胀伤害、与民争利的“铁路国有化”政策(或可称之为清末的“国进民退”)，都将令新政本身成为民怨的主要来源。