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“玩忽职守”
依仗哥哥陈良宇，弟弟陈良军非法获得600亩土地使用权，获利1.18亿元
从检方指控可知，陈良宇还曾利用职权，助其弟弟陈良军从土地交易中获得暴利。此罪被控“玩忽职守”，并使得其弟弟陈良军获取巨额非法利益。
陈良宇兄弟三人，陈良宇为长兄，陈良军是相差九岁的小弟，自小最受父母疼爱。据上海市政府一位老干部回忆，陈良军跟陈良宇性格、相貌并不十分相似，平日跟人打交道并不很热情。他早年也曾创业，开过饭店，但未有所成，后追随上海房地产的民营老板周正毅，逐步熟悉了炒地炒股。
2002年至2003年，陈良军想在上海市宝山区拿到一块土地，并多次找宝山区区委领导帮忙。后者请示陈良宇，陈同意并表示“按规定办，把好关”。后来，此地未经评估便轻率出手，经手人包括宝山区相关官员，以及上海市房屋土地资源管理局副局长殷国元、土地利用处处长朱文锦等。结果非法出让600亩土地使用权给陈良军，并违规享受旧城改造项目100多亩，由此造成的国家损失即达3400多万元。此后，陈良军将600亩地使用权转手倒卖，非法获利1.18亿元。
据《财经》记者了解，陈良军在宝山区拿到的这块地，位于高镜镇。宝山区是上海东北边新兴起的一个城区，以大型聚居区域为主，目前已有三条轨道交通与市区相连。高镜镇则是宝山区最南部的镇，也是距离市区最近的一个镇。该镇东有逸仙路高架和明珠三号线延伸线经过；西有共和新路高架和地铁一号线延伸线，颇受地产界关注。同时，高境镇还靠近杨浦大学城，包括复旦大学、同济大学、上海财经大学等知名院校都位于此，市重点中学如复兴高级中学、同济实验学校，以及上海交大附中等也都位于此。随着市内动迁户不断迁往高镜镇，大家都习惯于把高镜镇当作市区的一部分。
2002年至2003年间，该镇的土地尚未大量开发，很多地产商正是看中这里的开发潜力，选择在此处屯地，以致一直默默无闻的高镜镇在进入2004年后，房产开发出现一个高潮。陈良军获利1.18亿元正是源于这轮房地产开发高潮。
陈良宇案发后，殷国元和朱文锦先后因为涉嫌犯罪被捕。殷国元被诉四宗罪：受贿罪、巨额财产来源不明罪、滥用职权罪以及私藏弹药罪，但截至目前尚未开庭；朱文锦则因为受贿近400万元以及非法批租土地罪，被判处有期徒刑15年。
据悉，今年53岁的陈良军也已经被捕，涉嫌非法倒卖土地，该案目前尚未进入审理程序。
在陈良宇案的庭审中，辩护律师提出，在陈良军倒卖土地问题上，陈良宇只应负领导责任，不构成玩忽职守罪。控辩双方对此一时争执不下。
此时，陈良宇主动对律师说：“你们别争了，在这个问题上我是有责任的。”
滥权社保案
通过时任上海某高级领导秘书的王维工，张荣坤邀请陈良宇用餐，席间谈定收购沪杭高速一事
陈良宇被检方指控的两项滥用职权罪行，均与上海社保案直接关联。
其一，陈良宇为不法商人张荣坤获取10亿余元社保贷款提供便利。
根据张荣坤案审理时吉林检方对张荣坤的指控，2002年1月，由于看上了上海城投总公司欲出手的沪杭高速公路上海段经营权，张荣坤通过时任上海主要领导秘书王维工，邀请陈良宇一起用餐。席间，张提请关照，陈当即表示支持（参见《财经》2008年第1期封面文章“还原张荣坤”）。
席间一诺，陈良宇在帮助张荣坤收购路权一事上颇见效率。2002年3月26日，在上海市政府一号贵宾厅，上海路桥发展公司股权转让给张荣坤福禧投资的协议签字仪式即告举行。陈良宇出席，相关委办局领导也悉数到场，场面极为盛大。